Za čiščenje odpadne vode se uporablja anaerobni reaktor. Je ena izmed mnogih vrst anaerobnega digestorja. Ker je anaerobna, opravlja svoje funkcije v odsotnosti kisika. Reaktor je del večjega procesa čiščenja odpadne vode in ni niti prvi niti zadnji element čiščenja. Je pa glavni del procesa razgradnje organskih materialov, ki se nahajajo v odpadni vodi.
Anaerobni digestorji in reaktorji se uporabljajo za tekoče produkte, proizvedene s številnimi industrijskimi procesi. Ti lahko vključujejo kemične in farmacevtske procese. Vključujejo tudi postopke proizvodnje hrane, potrebne za izdelavo sladoleda, mlečnih izdelkov in alkoholnih postopkov, kot sta pivovarstvo in destilacija. S predelavo tovrstnih odpadnih proizvodov želijo podjetja narediti odpadke varnejše za okolje.
Odsek anaerobnega reaktorja čiščenja odpadne vode sledi drugim procesom. Najprej gre odpadna voda skozi izravnavo, nevtralizacijo in nato izmenjavo toplote, preden se črpa v reaktorski rezervoar. Plin, ki nastane s temi procesi, se sprosti za obdelavo in se lahko uporabi za proizvodnjo energije z uporabo turbine. Plin, proizveden iz procesov glavnega anaerobnega reaktorja, je bioplin in se obdela ločeno. Po izstopu iz reaktorja se tekočina bodisi da v kanalizacijo ali pošlje v aerobno obdelavo.
V anaerobnih reaktorjih se uporabljajo številni različni filtri. Enote z utekočinjeno plastjo uporabljajo pesek ali plastična zrnca. Filtri navzgor in navzdol uporabljajo kamenčke, kamne ali porozne plastične plošče. Ti fiksni filmi ustvarjajo anaerobne pogoje, potrebne za razgradnjo organskih spojin. Vse filtre je treba vzdrževati in imeti različne dobe uporabnosti, preden jih je treba zamenjati.
Proces prebave anaerobne odeje blata Upflow (UASB) uporablja organski filter. Filter potrebuje tri mesece, da doseže zrelost, vendar ima številne prednosti. Deluje tako, da ustvari filter blata, sestavljen iz bakterij in drugih mikroorganizmov. Prednost anaerobnega reaktorja UASB je, da zmanjša količino potrebnih odpadnih produktov po reaktorski obdelavi. Proizvaja tudi večjo količino bioplina, ki se lahko uporabi za proizvodnjo električne energije.
Anaerobna razgradnja, kot jo uporablja vsak anaerobni reaktor, je proces, ki razgradi organske spojine v odsotnosti kisika. Mikroorganizmi in bakterije se uporabljajo za razgradnjo organskih polimerov odpadkov. Kisle bakterije nato pretvorijo aminokisline in sladkorje v amoniak, vodik in organske kisline. Te se nato pretvorijo v ocetno kislino in na koncu v metan in ogljikov dioksid.