Amigdala, imenovana tako, ker spominja na mandelj, je niz jeder v možganih, ki se nahajajo tesno drug ob drugem in so zato združene pod istim imenom. Med najvidnejšimi so bazolateralni kompleks, centromedialno jedro in kortikalno jedro. Amigdala je del limbičnega sistema, ki je odgovoren za uravnavanje čustev. Najpogosteje je povezan s čustvi strahu in tesnobe, njegova velikost pa je pozitivno povezana s stopnjo agresije pri določeni vrsti. Povezan je tudi s čustvom ugodja, čeprav predvsem v negativnem smislu, torej z užitkom, ki je včasih neločljivo povezan z agresijo.
Obstajata dve amigdali, simetrično razporejeni blizu središča možganov, tik nad hipotalamusom. Vsaka je dolga približno 1 cm. Ta struktura je bila v zadnjih desetletjih deležna velike pozornosti in je bila v središču številnih raziskovalnih projektov.
Amigdala igra ključno vlogo v tako imenovanem “omrežju za nadzor obrambnega odziva splošnega namena” in reagira kot odziv na neprijetne poglede, občutke ali vonjave. Jeza, izogibanje in obramba so čustva, ki jih v veliki meri aktivira ta del možganov. Njegov evolucijski izvor je pri zgodnjih ribah in ima neposredne povezave z enim najstarejših senzoričnih območij, vohalno čebulico. Amigdala je odgovorna za aktiviranje prednikovih znakov stiske, kot so »napeta usta« in obrambne drže, kot je počep.
Tako kot mnogi deli limbičnega sistema tudi delovanje amigdale ni povezano zgolj z nobenim čustvom. Slabo amigdalno delovanje je bilo povezano z anksioznostjo, avtizmom, depresijo, narkolepsijo, posttravmatsko stresno motnjo, fobijami in shizofrenijo. Študije lezij pri opicah so pokazale, da se posamezniki, ko je ta struktura oslabljena pred šestim mesecem starosti, težko prilagajajo družbenemu življenju. To je zato, ker amigdala ni potrebna samo za doživljanje čustev, kot je strah, ampak tudi za modeliranje in hitro prepoznavanje prisotnosti teh čustev pri drugih. Tako se je poškodovana povezala s stanjem avtizma ali socialne slepote.
Pri ljudeh je amigdala možganska struktura, ki se med spoloma najbolj razlikuje. Ko so samci kastrirani, se njegova velikost zmanjša za 30%. Depresija je bila povezana z asimetrično velikostjo amigdale.