Vsa snov je sestavljena iz molekul. Številne molekule lahko mirno sobivajo skoraj neomejeno. Nekatere molekule pa povzročijo nekakšno reakcijo, ko pridejo v stik z določenimi molekulami. Da se ta reakcija zgodi, morajo biti molekule zelo blizu skupaj in v določeni orientaciji. Aktivacijska energija je vključena tudi v številne reakcije, saj običajno reakcije vključujejo tudi prekinitev že obstoječih vezi.
Zaradi moči vezi, ki jih je treba prekiniti, je za kemično reakcijo pogosto potrebna precejšnja količina energije. Količina aktivacijske energije, ki je potrebna za začetek reakcije, se pogosto imenuje energijska pregrada. To energijo redko zagotavljajo molekule, ki trčijo, zato so potrebni drugi dejavniki, ki molekulam pomagajo odstraniti energijsko pregrado in olajšajo kemično reakcijo. Toplota, fizični faktor, in dodajanje ustreznega encima, kemičnega faktorja, sta dva primera dejavnikov, ki aktivirata molekule.
Ko se kemična reakcija začne, pogosto sprosti dovolj energije, običajno v obliki toplote, da aktivira naslednjo reakcijo in tako naprej v verižni reakciji. Točno to se zgodi pri požaru. Les lahko več let leži v kupu, ne da bi spontano zagorel. Ko ga enkrat zažge, ga aktivira iskra, dobesedno porabi samega sebe, saj sproščena toplota oskrbi aktivacijsko energijo, da ostanek lesa gori. Segrevanje zmesi bo povečalo hitrost reakcije.
Za večino bioloških reakcij je ogrevanje nepraktično, saj je telesna temperatura omejena na zelo majhen razpon. Toplota se lahko uporablja le kot način za premagovanje energijske pregrade v zelo omejenem obsegu, preden se celice poškodujejo. Da bi lahko potekale reakcije, morajo celice uporabiti encime za selektivno znižanje aktivacijske energije reakcij.
Encimi so beljakovinske molekule, ki delujejo kot biološki katalizatorji. Katalizator je molekula, ki pospeši kemično reakcijo, vendar na koncu reakcije ostane nespremenjena. Skoraj vsako presnovno reakcijo, ki poteka v živem organizmu, katalizira encim. Encimi imajo natančne tridimenzionalne oblike in imajo aktivno mesto, kjer se lahko molekula pritrdi na encim. Oblika aktivnega mesta omogoča, da se določene molekule nanj popolnoma vežejo, zato bo vsaka vrsta encima običajno delovala samo na eno vrsto molekule, imenovano molekula substrata. Reakcije, ki jih katalizirajo encimi, bodo potekale hitro pri veliko nižjih temperaturah kot brez njih.
Na primer, med dihanjem molekule glukoze reagirajo z molekulami kisika in se razgradijo, da tvorijo ogljikov dioksid in vodo ter sprostijo energijo. Ker glukoza in kisik nista naravno reaktivna, je treba za začetek procesa dihanja dodati majhno količino aktivacijske energije. Ko se ena od molekul substrata veže na zahtevani encim, se oblika molekule nekoliko spremeni. To posledično olajša, da se ta molekula veže na druge molekule ali se spremeni v produkt reakcije. Kot tak je encim zmanjšal aktivacijsko energijo reakcije ali olajšal potek reakcije.
Če energijske pregrade ne bi bilo, bi bile kompleksne visokoenergijske molekule, od katerih je odvisno življenje, nestabilne in bi se veliko lažje razgradile. Aktivacijska energetska pregrada torej preprečuje izvedbo večine reakcij. To zagotavlja stabilno okolje za vsa živa bitja.