Septični sistemi, ki se uporabljajo za čiščenje gospodinjskih in drugih odpadnih voda, običajno uporabljajo bakterije za pomoč pri predelavi odpadkov v končni izdelek za odstranjevanje, imenovan odpadna voda. Anaerobni sistemi vključujejo bakterije, ki ne potrebujejo kisika za predelavo odpadkov. Vendar pa je kisik potreben v aerobnem sistemu. Običajno ga je treba črpati v sistem, da se zagotovi, da lahko bakterije predelajo odpadke. Aerobni sistemi imajo v primerjavi z anaerobnimi nekaj pomanjkljivosti, vendar so v določenih okoliščinah primernejši za uporabo.
V aerobnem sistemu se bakterije uporabljajo za predhodno obdelavo odpadne vode za varno odstranjevanje. Takšne bakterije uporabljajo kisik in odpadke, ki se črpajo v zadrževalni rezervoar, kot vir energije za svoje preživetje in rast. Posledica tega je razgradnja odpadkov in zmanjšanje koncentracije škodljivih mikroorganizmov v končnem tekočem odpadnem produktu. Obstajajo trije osnovni tipi sistema aerobne obdelave (ATS): sistem suspendirane rasti, sekvenčni šaržni reaktor in reaktor s fiksnim filmom.
Bakterije plavajo po glavnem rezervoarju v sistemu suspendirane rasti. Zrak se črpa skozi vse tekoče odpadke. Obdelani trdni odpadki se usedejo v sekundarni rezervoar in bakterije se vrnejo v glavni rezervoar. Obdelani tekoči odpadki se nato odvajajo iz ATS. Ohranjanje ustreznega ravnovesja odpadkov, odpadne vode in bakterij je pomembno za preprečevanje zamašitve sistema zaustavljene rasti.
Serijski reaktor za sekvenciranje je podoben sistemu za suspendirano rast, saj bakterije prosto plavajo po rezervoarju. Vendar pa razgradnja in usedanje potekata v samo enem rezervoarju. Zrak se dovaja v ta posamezen rezervoar samo v fazi razgradnje. Med fazo usedanja se izklopi, da se trdne snovi usedejo na dno rezervoarja. Odpadne vode se nato izčrpajo iz rezervoarja, s čimer se cikel zaključi.
Medtem ko bakterije prosto plavajo v teh dveh vrstah sistemov, so bakterije v reaktorju s fiksnim filmom pritrjene na določeno površino. Razgradnja poteka v enem rezervoarju, usedanje pa v drugem rezervoarju. Zrak se dovaja samo v predel razkrojne posode s površino, na katero so pritrjene bakterije. Recirkulacija bakterij nazaj v rezervoar za razgradnjo ni potrebna, ker bakterije vedno ostanejo pritrjene na površino, na kateri rastejo.
Aerobni sistem katere koli od teh vrst je običajno dražji od tradicionalnega anaerobnega sistema tako glede začetnih stroškov kot vzdrževanja. Takšni sistemi so običajno bolj zapleteni in vključujejo več gibljivih delov kot tradicionalni sistemi. Potrebujejo električno energijo za kroženje zraka v sistemu v fazi razgradnje, zato povzročajo tudi tekoče obratovalne stroške.
Kljub višjim stroškom, povezanim s takšnim sistemom, je lahko aerobni sistem v določenih okoliščinah najprimernejša ali morda celo edina možnost. Zaradi proizvodnje bolj kakovostnih odplak je tak sistem zelo primeren za občutljiva okoljska območja. Prostorske omejitve lahko zahtevajo tudi aerobni sistem, kjer veliko drenažno polje ne bi bilo mogoče.
Nekatere lokacije zaradi vladnih predpisov in predpisov ne dovoljujejo uporabe aerobnega sistema. Drugi dovoljujejo uporabo aerobnega sistema, vendar zahtevajo, da lastnik sklene pogodbo s strokovnjakom, da zagotovi pravilno vzdrževanje sistema. Na nekaterih območjih bodo morda potrebni alarmi, da opozorijo lastnika v primeru okvare sistema. Kode in predpise za namestitev in vzdrževanje aerobnega sistema običajno upravljajo državne ali lokalne agencije, kot je zdravstveni oddelek.