Aerobni septični sistem je septični sistem, v katerem se spodbuja rast bakterij z namenom nadaljnjega razgradnje odplak iz septičnega sistema, preden se sprosti. Ti septični sistemi zahtevajo manj prostora in jih je mogoče uporabiti, kadar običajna anaerobna greznica ne ustreza ali ni praktična. Uporabljajo se lahko tudi za naknadno vgradnjo ali popravilo običajnega septičnega sistema, ki je začel delovati nepravilno. Številna podjetja proizvajajo aerobne septične sisteme, namestijo pa jih lahko strokovnjaki za vodovodne in greznice.
Začetna obdelava v aerobnem septičnem sistemu je podobna tisti pri običajnem sistemu, pri čemer odpadna voda teče v rezervoar, kar omogoča, da se trdne snovi usedejo na dno, medtem ko tekočina teče v sekundarni rezervoar. V tem rezervoarju puhala vzdržujejo gibanje zraka, tako da lahko uspevajo aerobne bakterije, in obdelajo odpadno vodo, ki izteka skozi drugo cev. V nekaterih regijah je treba odpadno vodo sterilizirati s kemikalijo, kot je belilo, preden se lahko sprosti, da se ubijejo mikroorganizmi v odpadni vodi.
Aerobni septični sistem zahteva manj prostora, saj sistem zelo hitro obdela odpadno vodo, zahvaljujoč mikroorganizmom, ki opravljajo delo. Vendar pa je sistem lahko drag za delovanje in vzdrževanje. Za delovanje puhal in mešalnika zraka v rezervoarju je potrebna elektrika, pri čemer je treba paziti, da je ravnovesje mikroorganizmov v rezervoarju zdravo, kar pomeni, da morajo ljudje paziti, kaj odlagajo v septični sistem; če na primer redno uporabljajo belilo v svojih straniščih, lahko moti bakterije.
V nekaterih regijah je ljudem dovoljeno namestiti aerobni septični sistem le, če so pripravljeni skleniti pogodbo o vzdrževanju s certificiranim podjetjem. Ta zahteva je posledica skrbi glede javne varnosti, saj lahko, če aerobni septični sistem ni pravilno vzdrževan, povzroči širjenje bolezni iz neprečiščene odpadne vode. Podjetja, ki vgrajujejo takšne sisteme, so pogosto usposobljena za izvajanje vzdrževanja in lahko sklenejo vzdrževalno pogodbo v času namestitve.
Ti sistemi so zasnovani predvsem za uporabo v majhnem obsegu, delujejo kot miniaturna čistilna naprava za eno stanovanje, uporabljajo pa se predvsem na podeželju. Nastala sterilizirana odpadna voda se lahko uporablja za okrasno vrtnarjenje ali urejanje okolice in se ne sme nanašati na živilske pridelke, samo v primeru, da je kateri koli mikroorganizm uspel prebiti skozi sistem.