Kaj je 16S rRNA?

Glavna strukturna in funkcionalna komponenta ribosoma, ki gradi beljakovine v celici, je 16s rRNA ali 16s ribosomska nukleinska kislina. Ribosom ima majhno podenoto in veliko podenoto, ki sta sestavljeni iz različnih vrst rRNA in beljakovin, ki se povezujejo z rRNA, da ji pomagajo pri učinkovitejšem delovanju. Večina majhne podenote je sestavljena iz 16s rRNA. Ta RNA ima dve glavni funkciji, vzpostaviti ustrezne povezave med podenotami in zagotoviti, da je protein, ki ga ustvari ribosom, natančen. Njegova struktura in funkcija sta med različnimi vrstami organizmov zelo ohranjena.

Ribosomi gradijo beljakovine na podlagi sistema, podobnega mehanskemu sestavnemu traku, vso to funkcionalnost pa upravlja 16s rRNA. RNA vsebuje tri žepke, ki po vrsti prinašajo gradnike beljakovin, jih povezujejo z rastočimi beljakovinami, nato pa izvržejo uporabljene koščke, da se pripravijo na naslednjo povezavo. Ta postopek se sliši preprosto, vendar je strogo nadzorovan in mora biti zelo natančen. Napaka v katerem koli od teh korakov lahko povzroči nepravilno izgradnjo beljakovin, kar lahko povzroči številne stopnje genetske bolezni. Ker so vsi organizmi do neke mere odvisni od beljakovin, je pomembna funkcija gradnje beljakovin skoraj vedno odvisna od 16s rRNA.

Ni nujno, da je struktura 16s rRNA med organizmi popolnoma enaka, čeprav je njena funkcija. Med vrstami in celo znotraj enega samega organizma se lahko natančno zaporedje nukleinskih kislin v določeni molekuli RNA razlikuje brez škode za organizem. Pogosto se več lokacij v zaporedju razlikuje, vendar to ni vedno tako. Te variacije se imenujejo ribotipi. Posebej zanimivi so pri preučevanju ekologije in evolucije enoceličnih organizmov, kot so bakterije.

16s rRNA se pogosto uporablja kot molekularni marker, kjer se analizira njeno zaporedje in struktura, da se določi stopnja spremembe med vrstami, zlasti bakterijami. Njegovi podatki se pogosto uporabljajo za izgradnjo filogenetskih dreves, ki so diagrami možnih razmerij med vrstami. Zaradi visoke ohranjenosti RNA med vrstami so razlike še toliko bolj očitne. Ribotipi lahko pomagajo ali ovirajo tovrstne raziskave, ker lahko pomenijo pomembno spremembo, lahko pa so tudi le variacija RNA, specifična za organizem. Raziskavo je mogoče uporabiti za napovedovanje razvoja mikroorganizmov ali razvoj tarč zdravil, ki preprečujejo bakterijam, da proizvajajo beljakovine, ki jih potrebujejo za preživetje, zato ima neposredne aplikacije za zdravje ljudi.