16S rDNA je del prokariontske DNK, ki kodira gen, ki ga najdemo v vseh bakterijah. Bakterije so prokariontske, kar pomeni, da ne vsebujejo celičnega jedra ali organelov, zato DNK prosto plava znotraj teh enoceličnih organizmov. Gen 16S rDNA kodira verigo RNA, ki sestavlja del ribosoma. Ta veriga RNA se imenuje ribosomska RNA ali rRNA. Črka r v 16S rDNA pomeni tudi ribosomsko in kaže, da je to gen, ki kodira del ribosoma v bakterijski celici.
Ribosomi so sestavljeni iz dveh podenot, male podenote in velike podenote. Ko se obe podenoti združita, se prenaša RNA (mRNA) in se prevede v beljakovine. V bakterijskih celicah rRNA, prepisana iz gena 16S rDNA, tvori majhno podenoto ribosoma. Gena 23S rDNA in 5S rDNA kodirata rRNA, ki sestavlja veliko podenoto ribosoma.
Obstaja več razlogov, zakaj se gen 16S rDNA šteje za koristnega. Prvi je, da večina znanstvenikov zdaj uporablja DNK za karakterizacijo organizmov namesto fizičnih lastnosti. Drugič, ta gen najdemo samo v bakterijskih celicah, kar pomeni, da je koristen za ugotavljanje, ali je celica bakterijska ali iz rastline, živali ali glive. Končno je precej kratek v primerjavi z drugimi geni, ki jih najdemo v bakterijah, zaradi česar je zaporedje veliko lažje in cenejše.
Gen 16S rDNA je eden izmed najbolj ohranjenih genov. To pomeni, da se je skozi čas zelo malo spremenila ali pa se zelo malo razlikuje od celice do celice. Tudi organizmi, ki so oddaljeni sorodniki ali so se razvili že dolgo nazaj, imajo zaporedja 16S rDNA, ki so zelo podobna.
Znanstveniki uporabljajo ta gen, kot tudi druge ribosomske gene, za merjenje taksonomije, filogenije in stopnje razhajanja. Taksonomija je metoda znanstvenega razvrščanja organizmov v podobne taksone ali skupine. Filogenija obravnava evolucijske odnose med organizmi. Stopnja razhajanja je metoda ocenjevanja hitrosti, s katero so se različne vrste bakterij oblikovale in oddaljile od svojih prednikov.
Znotraj mikroorganizmov je bila študija gena 16S rDNA uporabljena za preučitev, kako so enocelični organizmi povezani. Zlasti se opazijo kakršne koli spremembe v genu in jih primerjajo z drugimi bakterijskimi celicami. Preučevanje teh razlik omogoča raziskovalcem, da oblikujejo evolucijske povezave med različnimi organizmi.