Organi pregona delujejo na vseh ravneh, vključno z vlado, lokalno, okrožno, državno, državno in celo večnacionalno ali mednarodno. Pristojnost kazenskega pregona je določena z zveznimi ali državnimi zakoni v državi ter z mednarodnimi pogodbami ali sporazumi za večnacionalne ali mednarodne agencije. V mnogih primerih bo hkrati pristojno več agencij; vendar ima ena od agencij na splošno pooblastilo, da uzurpira pooblastila drugih organov pregona.
V večini držav obstajajo lokalni organi kazenskega pregona, pa tudi nacionalne ali zvezne agencije. V Združenih državah, na primer, ima vsaka država različne organe pregona, kot so mestna ali mestna policijska uprava, okrožni šerifski oddelki in državna policija. Običajno bo mestna policija pristojna znotraj zakonskih meja mesta, medtem ko bo šerif reševal zadeve zunaj meja mesta, vendar znotraj okrožja. Državna policija pogosto ohranja jurisdikcijo za vse državne ceste, čeprav je tehnično lahko pristojna za celotno državo, v kateri jo želi izvajati. Državni zakonodajalec v vsaki državi določi pristojnost kazenskega pregona v svoji državi.
Zvezno ali nacionalno pristojnost kazenskega pregona običajno določa ustava ali nacionalni zakonodajalec. V nekaterih primerih nacionalni organ kazenskega pregona obravnava resne zadeve, ki mu jih posredujejo lokalne agencije, kot je na primer v Avstraliji. V Združenih državah so zvezni organi pregona zadolženi za preiskovanje zločinov, ki imajo komponento več držav. Agencija za boj proti drogam (DEA) na primer preiskuje velike operacije trgovine z mamili, medtem ko Zvezni preiskovalni urad (FBI) preiskuje rope bank in ugrabitve, ko se žrtev prevaža čez državne meje.
Mednarodna pristojnost kazenskega pregona je pogosto posledica formalnih pogodb ali neformalnega sodelovanja med številnimi državami. Pogosto je vloga mednarodnega organa pregona vloga klirinške hiše za informacije. Mednarodna organizacija kriminalistične policije (INTERPOL) na primer deluje kot osrednje skladišče informacij o kazenskih preiskavah, ki presegajo nacionalne meje, kot je mednarodno pranje denarja ali terorizem. INTERPOL deluje v skladu z ustavo, za katero se države članice strinjajo, da jo bodo ves čas spoštovale.
V nekaterih primerih si pristojnost kazenskega pregona deli več kot ena agencija. Včasih se lahko vprašanja o pristojnosti zapletejo in dejansko ovirajo preiskovanje in pregon kaznivih dejanj. V Združenih državah obstaja številna področja, kjer se lahko plemenski, državni in zvezni organi pregona sklicujejo na jurisdikcijo za kaznivo dejanje. Včasih se vprašanje reši sporazumno med agencijami, v drugih primerih pa se lahko obtoženec za isto kaznivo dejanje obtoži na več kot enem sodišču.