Tako kot mnoga druga zdravila imajo tudi antibiotiki dokazano ugoden učinek, saj so pomagali preprečiti bakterijske okužbe, ki jih je bilo nekoč težko zdraviti. Vendar pa se povečuje zaskrbljenost, da je prekomerna uporaba antibiotikov ustvarila nevarne seve bakterij, odporne na antibiotike. Drug pomemben vir polemik je bila uporaba antibiotikov v živilski industriji za krepitev živine in povečanje proizvodnje, kar je povzročilo zaskrbljenost glede škodljivih učinkov na zdravje živali in ljudi. Kot vsa zdravila imajo lahko tudi antibiotiki negativne stranske učinke, ki so lahko posledica alergijske reakcije, napačne uporabe ali naključnega uničenja dobrih bakterij poleg slabih. Ko človeštvo izve več o njihovih prednostih in slabostih, se družba in medicinska skupnost učita, kako prilagoditi uporabo zdravljenja z antibiotiki, da bi zagotovili najbolj zdrav učinek.
Odkritje antibiotikov v 20. stoletju je bilo prelomni trenutek za družbo in medicinsko skupnost, enako kot odkritje cepiv. Medtem ko so cepljenja premagala smrtonosne virusne bolezni, ki so se jim ljudje dokaj nemočni upreti, kot so otroška paraliza, gripa in tendinitis, so antibiotiki zagotovili način za uničenje slabih bakterij, ki so povzročale nekdaj izčrpavajoče in potencialno smrtonosne okužbe, kot so tuberkuloza, meningitis in pljučnica. Stopnje umrljivosti zaradi bakterijske okužbe so se znatno zmanjšale, prebivalstvo pa je postalo bolj zdravo. Kljub temu, ko so zdravniki začeli predpisovati rekordne količine antibiotikov za zdravljenje bolezni, je postalo očitno, da so pri njihovi prekomerni uporabi lahko pomanjkljivosti.
Ker so antibiotiki postajali vse bolj priljubljeni, so jih bolniki začeli videti kot redni del življenja, zdravniki pa so jih predpisovali v rekordnih količinah. To je privedlo do nepredvidenega problema: nekatere bakterije so se začele razvijati in rasti odpornosti na zdravljenje z antibiotiki. Sposobnost bakterij, da mutirajo kot odziv na zdravljenje, se imenuje odpornost na antibiotike. Bolezni, za katere se je nekoč zdelo, da so jih antibiotiki dokončno rešili, so se ponovno pojavile. Ni šlo za to, da so bila antibiotična zdravila nenadoma neučinkovita, ampak del njihove moči je bil izgubljen. To ni bilo le posledica prekomerne uporabe in predpisovanja, temveč tudi napačne uporabe. Družba je do neke mere začela gledati na antibiotike kot na povoj za vse, tudi za virusne bolezni, ki jih niso mogli zdraviti. Posledica tega je, da današnja medicinska družba spodbuja uporabo antibiotikov le, kadar je to nujno potrebno, v upanju, da bo zdravljenje ostalo učinkovito.
Zaskrbljenost je povzročila tudi uporaba antibiotikov v živilski industriji. Agrarna družba je začela uporabljati antibiotike pri živalih iz istega razloga, zakaj jih ljudje uporabljajo: za zdravljenje bakterijskih bolezni. Sčasoma pa je postalo očitno, da lahko antibiotiki povzročijo povečanje telesne mase pri živalih. Pri kravah je na primer dodatna teža za nekatere rančerje in kmete pomenila znatne dobičke. Raziskave so pokazale, da je prekomerna uporaba antibiotikov pri živalih povzročila superbakterije ali na antibiotike odporne bakterije, ki bi jih lahko zaužili ljudje, ko jedo meso. V tem primeru se s hrano povezane bolezni pri osebi morda ne da zdraviti z antibiotiki. Zaskrbljeni so tudi negativni učinki na zdravje živali. Spoštovani zdravniki, kot je Svetovna zdravstvena organizacija (WHO), so pozvali družbo, naj razmisli o tveganjih antibiotikov pri živalih in zmanjša njihovo uporabo.