Zdravila za bakterijsko vaginozo so običajno v obliki antibiotikov. Včasih bakterijska vaginoza izgine sama od sebe brez kakršnega koli zdravljenja. Ljudem, ki potrebujejo zdravila za bakterijsko vaginozo, običajno predpišejo metronidazol ali klindamicin, ki sta dve vrsti antibiotikov. Oba antibiotika sta na voljo v obliki tablet ali v obliki krem, ki se vstavijo v nožnico. Večina okužb z bakterijsko vaginozo na splošno izgine v dveh ali treh dneh po začetku zdravljenja z antibiotiki, vendar zdravniki običajno svetujejo ženskam, da jemljejo antibiotike vsaj en teden, tudi če simptomi prenehajo.
Mnoge ženske z bakterijsko vaginozo nimajo simptomov, zato se morda ne zavedajo, da imajo okužbo. Dejstvo, da bakterijska vaginoza občasno izgine sama od sebe, pomeni, da se nekatere ženske morda ne zavedajo, da so jo kdaj imele, zlasti če simptomi niso bili prisotni. Ženska ne sme odložiti zdravljenja bakterijske vaginoze, ker verjame, da bo njena okužba izginila brez zdravljenja. Čeprav bakterijska vaginoza občasno izgine brez zdravljenja, se lahko še poslabša, preden se izboljša. Običajno je najbolje, da obiščete zdravnika ali ginekologa, takoj ko se pojavijo simptomi bakterijske vaginoze, da se težava ne poslabša.
Zdravnik običajno oceni ženske simptome poleg opravljanja medeničnega pregleda, preden predpiše zdravila za bakterijsko vaginozo. Simptomi bakterijske vaginoze so pogosto podobni simptomom okužbe s kvasovkami, zato lahko mnoge ženske verjamejo, da imajo glivično okužbo. Šele ko ženska poskuša zdraviti svojo bakterijsko vaginozo s kremo za glivično okužbo brez recepta, ugotovi, da ima drugo težavo, ker je zdravilo za glivično okužbo neučinkovito proti bakterijski vaginozi. Zdravniki lahko običajno opravijo pregled medenice in dobijo vzorec vaginalnega izcedka, da preverijo znake bakterijske vaginoze. Vzorec, ki ga dobi zdravnik, bo pokazal bakterije, ki so prisotne v izcedku, če ima ženska bakterijsko vaginozo in ne glivično okužbo.
Antibiotska zdravila za bakterijsko vaginozo so pogosto učinkovita takoj. Simptomi običajno izginejo po prvem dnevu ali dveh po jemanju antibiotikov. Antibiotiki se običajno dajejo v obliki krem ali gelov, ki se vstavijo v nožnico. Nosečnicam z bakterijsko vaginozo se običajno predpisujejo antibiotiki v obliki tablet, ker vstavljanje zdravila v nožnico med nosečnostjo morda ni varno za plod. Če antibiotikov ne jemljete ves čas, ko so bili predpisani, obstaja možnost, da se okužba ponovi.