Uporaba psevdoefedrina v nosečnosti morda ni varna, vendar se morajo ženske pred dokončno odločitvijo posvetovati s svojim zdravnikom. Jemanje tega zdravila v prvem trimesečju nosečnosti ni dokončno povezano s kakršnimi koli škodljivimi prirojenimi napakami. Ameriška agencija za hrano in zdravila (FDA) ne verjame, da je bilo opravljenih dovolj prepričljivih testiranj na ljudeh, da bi zdravilo ocenili kot varno, in ne priporoča, da ga uporabljajo nosečnice.
V ZDA je psevdoefedrin dobil oceno nosečnosti kategorije C. Kategorija A se daje zdravilom, ki so bila obsežno testirana in niso pokazala nobenih znakov poškodb matere ali ploda niti v prvem trimesečju niti v katerem koli naslednjem. obdobje nosečnosti. Zdravila prejmejo kategorijo B, ki so bila testirana na brejih živalih in niso pokazala nobenih dokazov o škodi materi ali otroku, vendar niso bila testirana na nobenih nosečih bolnikih. Kategorija C je dodeljena tistim zdravilom, ki so v študijah na živalih med nosečnostjo škodile materi ali plodu in ki niso bila testirana na nobeni nosečnici pri ljudeh. Kategoriji D in X sta rezervirani za zdravila, za katera je znano, da povzročajo nenormalnosti ploda in lahko ogrozijo zdravje matere, tako pri testiranju na ljudeh kot na živalih.
Ocena kategorije C, ki jo je FDA dodelila glede uporabe psevdoefedrina v nosečnosti, kaže, da lahko koristi zdravila za mater v nekaterih primerih odtehtajo možne neželene učinke. Preskušanje na živalih, čeprav je predhodnik testiranja na ljudeh, ne daje vedno enakih rezultatov. Noseča podgana lahko rodi deformiranega otroka, če dobi psevdoefedrin, medtem ko noseča človeška mati, ki jemlje isto zdravilo, rodi popolnoma oblikovanega in zdravega otroka. Tveganja, povezana s tem zdravilom med testiranjem na živalih, pa lahko naredijo obsežna preskušanja pri bolnikih malo verjetna.
Možni neželeni učinki uporabe psevdoefedrina v nosečnosti vključujejo gastrošizo in atrezijo tankega črevesa. Gastroshiza je stanje, ki ga povzroči, da se otrokova trebušna stena med razvojem popolnoma ne zapre. Ta odprtina je običajno ob popkovini in skozi odprtino lahko potisne nekaj otrokovih čreves. To stanje je mogoče zaznati z ultrazvokom in ga je mogoče popraviti s kirurškim posegom, ki se izvede relativno kmalu po rojstvu.
Atrezija tankega črevesa se pojavi, ko se del tankega črevesa med razvojem ploda bodisi zapre ali prekine. To stanje je mogoče odkriti tudi z ultrazvokom ali diagnosticirati takoj ob rojstvu. Novorojenčki s tem stanjem imajo pogosto velik, raztegnjen želodec, kar kaže na nezmožnost odpadnih snovi, da prehajajo skozi črevesje. Ta vrsta okvare se običajno odpravi s kirurškim posegom kmalu po porodu.
Te bolezni so le pogojno povezane z uporabo psevdoefedrina v nosečnosti in niso dokončno povezane z zdravilom. Drugih zdravil in genetskih dejavnikov še ni mogoče spregledati v tistih primerih, ko so bile te okvare odkrite. Plod dokonča večino svojega mišičnega, živčnega in skeletnega razvoja v prvem trimesečju nosečnosti. Nekateri zdravniki morda menijo, da jemanje tega zdravila v poznejših fazah nosečnosti, na primer v drugem ali tretjem trimesečju, predstavlja manjše tveganje za otroka in zagotavlja pomembno korist za mater, ter lahko priporočajo njegovo uporabo svojim pacientom.