Jemanje zolpidema v nosečnosti se na splošno šteje za varno, kadar je potrebno za zdravljenje nespečnosti, vendar se nosečnice pogosto pozivajo, naj najprej poskusijo z drugimi možnostmi. To je zato, ker je ameriška uprava za hrano in zdravila (FDA) to zdravilo uvrstila v kategorijo nosečnosti C. To je verjetno zato, ker so študije na živalih, opravljene z zolpidemom v nosečnosti, pokazale nekatere neželene stranske učinke, čeprav ni ustrezno nadzorovanih študij na ljudeh, ki bi lahko z gotovostjo rekli, ali je varen. Na splošno zdravniki predpisujejo to zdravilo nosečnicam le, če je nespečnost dovolj huda, da ima negativen učinek, pri čemer lahko koristi odtehtajo tveganja.
Študije na živalih, ki so bile opravljene s tem zdravilom, so pokazale nekatere neželene učinke na plod, čeprav so živali pogosto prejemale veliko večje odmerke, kot bi jih običajno dobile nosečnice. Na primer, nekateri preiskovanci, ki so v nosečnosti prejeli visoke odmerke zolpidema, so imeli plodove, ki so pokazali nepopolno okostenitev lobanje. Poleg tega se je stopnja spontanih splavov in zastoja v rasti ploda povečala, ko se je povečal odmerek zolpidema. V mnogih primerih pa se ni izkazalo, da bi normalni odmerki zolpidema v nosečnosti negativno vplivali na plod ali mater.
Opravljenih je bilo nekaj manjših študij na ženskah, ki so jemale zolpidem v nosečnosti, in čeprav niso bile nujno ustrezno nadzorovane, njihovi rezultati kažejo, da obstaja tveganje pri jemanju tega zdravila. Nekatere ženske, ki so jemale zdravilo v tretjem trimesečju, so na primer poročale o hudi respiratorni depresiji pri novorojenem otroku, vendar je to običajno mogoče zdraviti v bolnišnici, tako da učinki niso dolgotrajni. Dodatna skrb glede zolpidema v nosečnosti je možnost, da se bodo otroci rodili odvisni od zdravila. Za odvisnost od zolpidema pri novorojenčkih so ob rojstvu pogosto značilni odtegnitveni simptomi, ki lahko vključujejo potenje, bruhanje in bolečine v mišicah. Končno, nekateri novorojenčki se zdijo mlaki in šibki ob rojstvu, ko so bili izpostavljeni zolpidemu v maternici.
Matere, ki se želijo izogniti tem možnim učinkom, se spodbuja, da poiščejo alternative jemanju zolpidema v nosečnosti in naj to zdravilo jemljejo le, če je njihova nespečnost ekstremna in nič drugega ne pomaga pri zdravljenju. V večini primerov naj bi nespečnost izginila po nosečnosti; če se to ne zgodi, se lahko to zdravilo predpiše brez zapletov. Vendar pa bi morale doječe matere pri jemanju tega zdravila upoštevati enake previdnostne ukrepe kot nosečnice, ker se pojavlja v materinem mleku, učinek na doječe otroke pa ni znan.