Nekatere ženske jemljejo ondansetron med nosečnostjo za obvladovanje jutranje slabosti. Ameriška uprava za hrano in zdravila (FDA) ga uvršča med zdravilo kategorije B za nosečnost, na splošno velja za varnega za lajšanje slabosti v nosečnosti. Vendar ga je treba jemati le, kadar je to potrebno, na primer, ko ženska zaradi hude slabosti ne more zadržati hrane. V takih primerih se morebitni negativni učinki ondansetrona običajno štejejo za boljše od škode, ki bi lahko nastala zarodku, če ne dobi ustreznih hranil od matere. Zaradi tega se nosečnice spodbuja, da se o prednostih in slabostih pogovorijo s svojim zdravnikom, preden vzamejo to zdravilo.
Ondansetron je razvrščen kot zdravilo kategorije B za nosečnost, ker od leta 2011 ni bila zaključena nobena kontrolirana študija z nosečnicami. Raziskovalci pa so izvedli študije na živalih, da bi ugotovili učinke ondansetrona v nosečnosti. Glede na rezultate to zdravilo ni povzročilo škodljivih učinkov na živalske plodove. Kljub temu se živali na zdravila ne odzivajo vedno enako kot ljudje, zato je težko zagotovo reči, da ondansetron v nosečnosti ne bo škodoval plodu. Glede na to zdravniki ne bodo ponudili tega zdravila, razen če so prepričani, da ga njihove nosečnice potrebujejo iz zdravstvenih razlogov.
Glavni razlog, zakaj mnogi zdravniki še vedno predpisujejo ondansetron kljub pomanjkanju študij, ki bi vključevale ljudi, je ta, da je majhna možnost negativnih učinkov pogosto boljša od alternative. Nekatere ženske na primer med nosečnostjo trpijo za hiperemezo gravidarum, kar pomeni, da lahko bruhajo skoraj vse, kar pojedo. Tudi ženske, ki jih prizadene to stanje, običajno ne morejo zadržati tekočine, kar predstavlja tveganje za dehidracijo. To skupaj s pomanjkanjem hranil, ki ga povzroča bruhanje večine hrane, lahko močno škoduje tako materi kot plodu. Znano je, da sta dehidracija in podhranjenost škodljivi, medtem ko ondansetron v nosečnosti nima znanih škodljivih učinkov, zato jemanje slednjega običajno velja za najboljšo možnost.
Večina žensk, ki jemljejo ondansetron med nosečnostjo, ga potrebuje le v prvem trimesečju, ko je največja verjetnost, da bodo trpele zaradi jutranje slabosti. Nekatere ženske pa ga potrebujejo za celotno nosečnost. V takih primerih bo njihov zdravnik verjetno ponovno ocenil situacijo ob vsakem prenatalnem obisku, da bi ugotovil, ali koristi ondansetrona v nosečnosti še vedno odtehtajo možna tveganja. Večina žensk preneha potrebovati to zdravilo, ko se nosečnost konča, kar je verjetno dobro za doječe matere, ker ni znano, ali zdravilo prehaja skozi materino mleko.