V čaju je res fluorid, pri čemer ima zeleni čaj praviloma največjo količino fluorida. Prisotnost fluorida v čaju je posledica nagnjenosti rastlin čaja k bioakumulaciji, kar pomeni, da sprejemajo najrazličnejše materiale iz okolja okoli sebe in jih nato shranjujejo. Na območjih, kjer je veliko onesnaženja s fluoridi, bodo rastline čaja kopičile fluorid, in ko se listi teh rastlin skuhajo, bodo v notranjosti sprostile topen fluorid. Ko čaj skuhamo s fluorirano vodo, se količina raztopljenega fluora očitno še poveča.
O fluoridu v čaju je bilo izvedenih več študij, pri čemer večina študij ugotavlja, da se količina fluorida v čaju povečuje zaradi povečanega industrijskega onesnaževanja, ki onesnažuje zrak, vodo in tla. Starejša kot je čajnica, več fluorida nabira, mlajše, bolj nežne čajne rastline pa vsebujejo manj fluorida preprosto zato, ker so imele manj časa, da bi ga nabrale. V nekaterih primerih lahko štiri skodelice čaja vsebujejo tretjino priporočenega dnevnega vnosa fluorida, preden se upoštevajo drugi viri fluorida, kot so voda in izdelki za nego zob.
Fluorid je kemikalija, za katero se je izkazalo, da je koristna pri preprečevanju kariesa. V 20. stoletju so številne skupnosti začele fluorirati svojo vodo in priporočati terapevtsko uporabo fluorida za preprečevanje kariesa, na območjih z doslednim fluoriranjem pa je bilo opaženo splošno zmanjšanje zobne gnilobe, zlasti pri ljudeh, ki skrbijo za svoje zobe. Fluorid nastaja tudi kot stranski produkt v številnih industrijskih procesih, kar pojasnjuje, kako vstopa v čajne rastline.
Prekomerna poraba fluorida lahko povzroči stanje, znano kot fluoroza, ki povzroči, da zobje in kosti postanejo obarvani in krhki. Nekatere študije tudi kažejo, da lahko visoka poraba fluorida poveča tudi tveganje za nekatere vrste raka, zaradi česar je fluor v čaju zaskrbljujoč za ljudi, ki želijo paziti na svoje zdravje, še posebej, ker se čaji, kot je zeleni čaj, pogosto priporočajo za preprečevanje raka.
Količina fluorida v čaju je trenutno le glavno vprašanje, ki skrbi za ljudi, ki vsak dan pijejo veliko količino koncentriranega čaja, ali za ljudi, ki živijo na območjih z močno fluorirano vodo. Več primerov fluoroze je bilo povezanih z visoko porabo čaja v Aziji, kjer je nekaj vode naravno fluorirano zaradi raztopljenih mineralov, ki jih vsebuje.