Izbira najboljših antibiotikov za gonorejo je lahko odvisna od več dejavnikov. Ti vključujejo posameznikov prejšnji odziv na zdravila prve izbire in vrsto gonoreje, ki je prisotna. Pomembno je tudi, če so posamezniki hkrati okuženi s klamidijo, kar ni posebno redko. V teh primerih bo morda treba poskusiti več kot en antibiotik.
Od leta 2007 so ameriški centri za nadzor bolezni (CDC) objavili jasna navodila, kako izbrati najboljše antibiotike za gonorejo. Malo pred to objavo so študije pokazale, da je ena pogosta skupina antibakterijskih zdravil, imenovana florokinoloni, postala neučinkovita in da so sevi spolno prenosljive bolezni pokazali odpornost nanjo. Kot kaže, se je gonoreja v preteklosti tako obnašala z drugimi antibiotiki. Običajno se tudi ne odzove na zdravljenje z zdravili, kot sta penicilin ali tetraciklin.
CDC je izdal priporočila za najboljša zdravila za gonorejo na podlagi te na novo odkrite odpornosti na florokinolone, kar kaže, da ljudje s preprostimi primeri gonorejske okužbe genitalij prejmejo enkratno intramuskularno injekcijo ceftriaksona. To je cefalosporinsko zdravilo. Ceftriakson je indiciran tudi za zdravljenje gonoreje, ki se pojavi v grlu, imenovane faringealna gonoreja.
Če je bolezen zapletena zaradi okužbe s klamidijo, se običajno doda drugi peroralni antibiotik, ki je lahko ena od več vrst in lahko vključuje običajna zdravila, kot je Zithromax®. Obstaja tudi nekaj zdravil, ki so zelo podobna ceftriaksonu, ki niso na voljo v ZDA, in bi lahko bila idealna nadomestka. Poleg tega, če je gonoreja zapletena okužba, lahko začetni injekciji sledijo peroralni odmerki antibiotikov.
V nekaterih primerih ceftriakson povzroča težave. Ker je cefalosporin, so nekateri ljudje alergični nanj, če so alergični na penicilin. Možnost je, da poiščete naslednje najboljše antibiotike za gonorejo. Namesto tega bi lahko uporabili zdravila, kot sta doksiciklin ali klaritromicin. Drug pristop je uporaba desenzibilizacije na zdravilo pred dajanjem. Večinoma tega ni treba storiti, druga zdravila pa ga bodo ustrezno nadomestila. Znano je, da zdravila, kot je Zithromax®, zdravijo nezapleteno gonorejo, vendar obstaja zaskrbljenost, da se bodo sevi gonoreje na koncu uprli tudi azitromicinu.
Za izbiro najboljših antibiotikov za gonorejo je pomemben popoln pregled in anamneza bolnikovih alergij na zdravila. Zdravniki uporabljajo smernice, vendar se odločajo od primera do primera. Te odločitve morda niso vedno enake smernicam. Poleg tega morajo zdravniki še naprej ocenjevati bolnikovo okrevanje. Včasih je potrebno dodatno zdravljenje, tudi če je bilo uporabljeno najboljše in najbolj priporočeno zdravljenje.