Minociklin in doksiciklin sta polsintetična antibiotika širokega spektra z dolgotrajnim delovanjem v družini tetraciklinov. Oba sta bakteriostatična, saj preprečujeta razmnoževanje bakterij z motenjem sinteze beljakovin. Uporabljajo se za zdravljenje podobnih stanj, vključno z bakterijskimi in protozojskimi okužbami. Vendar pa je med tema dvema zdraviloma veliko razlik. Imajo nekaj različnih posebnosti, spektra delovanja, stranskih učinkov in varnostnih vprašanj.
Doksiciklin se poleg uporabe za bakterijske in protozojske okužbe uporablja tudi kot antihelmintično ali protiglivično zdravilo. Je bolj bioaktivno zdravilo kot drugi tetraciklinski antibiotiki, vključno z minociklinom. Nasprotno pa je minociklin zdravilo širšega spektra kot doksiciklin in se uporablja proti širši vrsti bakterij. Minociklin se uporablja tudi za zdravljenje revmatoidnega artritisa in ga v tej vlogi priporoča Ameriški kolidž za revmatologijo.
Druge razlike med minociklinom in doksiciklinom vključujejo njihovo topnost in druge kemijske značilnosti. Minociklin je bolj topen v maščobah, medtem ko se doksiciklin lažje raztopi v vodi. Zaradi tega minociklin lažje prehaja krvno-možgansko pregrado kot doksiciklin in povzroča več stranskih učinkov na centralni živčni sistem (CNS). Doksiciklin je, ker je bolj topen v vodi, boljša izbira za okužbe sečil, saj se njegovi aktivni presnovki raztopijo in izločajo z urinom. Tega zdravila ne smete jemati s kalcijevimi dodatki ali s kalcijem bogatimi živili, ki blokirajo absorpcijo, medtem ko pri minociklinu takšne omejitve ni.
Nekateri neželeni učinki se med temi zdravili tudi razlikujejo. Večja topnost minociklina v lipidih povzroča pogostejše stranske učinke na centralni živčni sistem, kot sta omotica in letargija. Znan, a redek stranski učinek tega zdravila je sekundarna intrakranialna hipertenzija, resno stanje, ki ga najprej kažejo glavoboli, dezorientacija in omotica. Povezujejo ga tudi z razvojem ali poslabšanjem sistemskega lupusa in raka ščitnice. Razmerje med tema dvema stanjema in minociklinom ni bilo ugotovljeno kot vzročno, vendar strokovnjaki opozarjajo na skrbno oceno med jemanjem tega zdravila.
Kot pri vseh tetraciklinskih antibiotikih, lahko minociklin in doksiciklin povzročita povečano fotosenzibilnost – ali sončne opekline – ob nominalni izpostavljenosti soncu. Za razliko od drugih tetraciklinskih antibiotikov, ki lahko včasih povzročijo znatno poškodbo ledvic, pa se lahko oba običajno varno uporablja pri bolnikih z okvarjenim delovanjem ledvic. Vsa zdravila iz tetraciklinske družine antibiotikov se nikoli ne smejo jemati ali dajati po izteku roka uporabnosti zdravil. Sestavine, ki se uporabljajo pri izdelavi teh zdravil, se sčasoma razgradijo in tvorijo toksine, ki so še posebej nevarni za ledvice.