Najpogostejše reakcije na amoksicilin so ponavadi posledica alergij. Manjša količina ljudi lahko doživi nealergijski izpuščaj, ki se ponavadi pojavi nekaj dni po jemanju amoksicilina. Alergijske reakcije se lahko gibljejo od blagih do hudih primerov srbenja, slabosti in bruhanja, zato je običajno priporočljivo, da se obrnete na zdravnika takoj, ko jih opazite. Nekateri bolniki so poročali tudi o drugih reakcijah, vključno z duševnimi spremembami, tesnobo in nespečnostjo. V primerih, ko se zaužije prevelik odmerek amoksicilina, se lahko pogoste reakcije začnejo z letargijo in se lahko končajo z odpovedjo ledvičnega sistema.
Nekateri ljudje so alergični na beta-laktamske antibiotike, kot je amoksicilin, zato je morda priporočljivo, da pri prvem jemanju enega od teh zdravil skrbno spremljate prisotnost možnih stranskih učinkov. Ko se pojavijo alergijske reakcije na amoksicilin, se običajno začnejo s srbenjem. Srbenje je lahko lokalizirano na konicah prstov in v dimljah, čeprav se običajno hitro razširi na druga mesta. Srbenje lahko spremlja tudi izpuščaj.
Nadaljnje reakcije na amoksicilin bodo običajno v obliki slabosti in lahko povzročijo bruhanje ali drisko. Lahko se razvije tudi zvišana telesna temperatura, čeprav tega morda ne opazimo, če je bolezen, ki je bila namenjena zdravljenju amoksicilina, že vključevala zvišano telesno temperaturo. Vse te pogoste reakcije na amoksicilin lahko zelo hitro postanejo resne, tako bruhanje kot driska pa lahko povzročita dehidracijo. Morda je pametno poiskati zdravniško pomoč ob prvem pojavu simptomov.
V manjšem številu primerov se lahko pojavi tudi nealergijski izpuščaj. Čeprav bodo ti izpuščaji pogosto zelo podobni alergijskim reakcijam, bo zdravnik običajno lahko ugotovil razliko. Ti izpuščaji so običajno srbeči in se običajno pojavijo približno tri dni po prvem zaužitju amoksicilina. Pri tistih z mononukleozo, ki jo povzroča virus Epstein-Barr, je verjetnost, da bodo imeli to vrsto nealergijske reakcije na amoksicilin, veliko večja kot pri drugih.
Ne glede na vrsto ali resnost stranskega učinka je stik z zdravnikom običajno najboljši način za obravnavo reakcij na amoksicilin. Če gre za alergijsko reakcijo, se lahko simptomi razvijejo zelo hitro in postanejo resni in lahko celo smrtno nevarni. V primerih, ko se pojavijo takšne reakcije, se pri zdravljenju prihodnjih bolezni običajno izogibamo beta-laktamskim antibiotikom, kot je amoksicilin. Nealergijski amoksicilinski izpuščaj pa ne bo preprečil nadaljnjega predpisovanja tega razreda zdravil.