Mnogi ljudje se zanimajo za naturopatsko zdravljenje različnih zdravstvenih težav, zlasti v primerih, ko tradicionalna medicina morda ni bila učinkovita. Pri poskusih z naturopatskimi zdravili obstajajo številne prednosti in slabosti, ki jih je zelo pomembno upoštevati. Največja pomanjkljivost je, da nekatera alternativna zdravljenja morda niso učinkovita in lahko na dolgi rok celo naredijo več škode kot koristi; lahko tudi povzroči, da ljudje napačno verjamejo, da bodo ozdravljeni, in prenehajo jemati predpisana zdravila ali obiskovati zdravnika. Nekatere prednosti naturopatske medicine pa vključujejo, da je stranskih učinkov malo, če sploh sploh, in da spodbuja splošno bolj zdrav življenjski slog, zlasti v kombinaciji z drugimi standardnimi zdravljenji in zdravniškim nadzorom.
V mnogih primerih bodo zdravniki priporočili poskus naturopatskega zdravljenja poleg tradicionalne medicine in ne namesto nje. Na ta način lahko zdravnik ugotovi, ali bi katerikoli naravni način zdravljenja lahko vplival na druga zdravila ali zdravstvena stanja, in lahko še naprej spremlja napredek. Tudi če je naturopatsko zdravilo »naravno«, to ne pomeni samodejno, da ne more komunicirati z drugimi zdravili, ki jih jemlje oseba. To bi lahko dejansko povzročilo škodo in poslabšalo nekatere pogoje. Poskus naturopatskega zdravljenja pod zdravniškim vodstvom zagotavlja tudi, da bo posameznik še naprej jemal svoje predpisano zdravilo in obiskoval načrtovane obiske pri zdravniku; to je zato, ker tudi če alternativne terapije niso aktivno škodljive, so nekatere preprosto neučinkovite.
Seveda je tudi naturopatskih zdravil veliko potencialnih prednosti. Prvi je, da številne alternativne terapije spodbujajo splošno zdravje in zmanjšanje stresa. Na primer, uravnotežena prehrana, vadba joge in akupunktura so lahko na splošno koristni in lahko celo preprečijo prihodnje zdravstvene težave. Poleg tega naturopatska zdravljenja spodbujajo pacienta, da prevzame aktivno vlogo pri razumevanju temeljnega vzroka svoje bolezni in ukrepanju za njeno zdravljenje in preprečevanje. Namesto zdravljenja samo simptomov, je cilj naturopatije zdravljenje celotnega telesa in nekateri strokovnjaki verjamejo, da lahko ta pristop igra aktivno vlogo v boju proti bolezni.
Naturopatska zdravila imajo pogosto nižje stroške kot tradicionalna medicina, zato jih je lažje vključiti v proračun ali življenjski slog. Nasprotno pa je zelo težko najti zdravstveno zavarovalnico, ki bo plačala alternativne medicinske terapije, zato lahko postanejo in se dodatno podražijo, odvisno od načrta zdravljenja. Mnogim ljudem pa je vredno kriti te stroške, da bi dopolnili svojo zdravstveno oskrbo in zdravili svoje bolezni z večstranskim pristopom.