V kliniki za hidroterapijo debelega črevesa usposobljeni strokovnjaki, kot so naturopati, pripravijo postopke, med katerimi se debelo črevo večkrat napolni s tekočino in izprazni, da izpere material, ki se je nabral v debelem črevesu. Da bi to naredili, se v danko vstavi cev. Cev dovaja tekočino v debelo črevo. Ko je debelo črevo napolnjeno ali polno s tekočino, lahko terapevt, ki izvaja tretma, masira strankin trebuh, da pomaga pri procesu čiščenja. Tekočino, ki se uporablja za čiščenje debelega črevesa, običajno uravnava temperaturo in tlak s strojem, ki omogoča tudi, da stranka vidi material, ki prehaja iz njegovega debelega črevesa.
Da bi bil postopek čim bolj udoben, klinika za hidroterapijo debelega črevesa običajno zagotovi udobno oblazinjeno mizo, na katero se lahko uleže stranka. Miza običajno spominja na masažno mizo. Prav tako, da bi bil postopek vstavljanja tube v danko čim bolj udoben, ima ambulanta običajno pri roki naravna ali sintetična maziva, ki se uporabljajo za oblaganje konca cevi. Takšna maziva lahko vključujejo deviško kokosovo olje ali maziva, ki se sicer uporabljajo za povečanje spolnega užitka.
Običajno je, da klinika za hidroterapijo debelega črevesa ponuja nekaj vrst tekočin, ki jih je mogoče uporabiti za čiščenje debelega črevesa. Najbolj osnovna tekočina, ki jo lahko uporabimo, je prečiščena voda. Nekateri se odločijo za uporabo vode, ki je bila prepojena z zelišči, medtem ko se drugi odločijo za uporabo kave za čiščenje debelega črevesa. Klinika za hidroterapijo debelega črevesa lahko ponudi tudi črevesno črevesje, ki vključuje uporabo vode, ki je bila prepojena s česnom. Stranke lahko tudi naročijo terapevtu, da med sejo prilagodi temperaturo in tlak tekočine, da bo izkušnja čim bolj udobna.
Čeprav morajo stranke odstraniti oblačila na spodnji polovici svojega telesa, da se podvržejo seansam hidroterapije debelega črevesa, klinika za kolonoterapijo običajno zelo trdo dela, da bi se pacienti počutili čim bolj sproščeno. Pred hidroterapevtsko seanso se klientu dodeli terapevtska soba, da se po potrebi sleče in se uleže pod odejo, rjuho ali brisačo. Terapevt, ki vodi sejo, lahko običajno opravi večino seje, ne da bi klientu bilo treba odkriti zasebne predele spodnje polovice svojega telesa.