Zdravljenje motenj mišičnega sistema je odvisno od dejavnikov, kot so vrsta motnje, prisotni specifični simptomi in splošno zdravje bolnika. Za zdravljenje teh motenj se pogosto uporabljajo zdravila brez recepta in zdravila na recept. Fizikalna terapija, prehranska dopolnila in vadba se pogosto uporabljajo tudi za zdravljenje motenj mišičnega sistema. Podporne naprave, kot so sprehajalci, palice ali invalidski vozički, so lahko včasih koristne za tiste z motnjami, ki prizadenejo mišice. O vseh posebnih vprašanjih ali pomislekih o različnih vrstah možnosti zdravljenja teh motenj se je treba pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Zdravila se pogosto uporabljajo kot prva linija zdravljenja pri bolnikih z motnjami mišičnega sistema. Pravzaprav lahko ljudje, ki imajo relativno blage simptome, poskušajo samozdraviti z zdravili brez recepta ali zeliščnimi dodatki, preden se posvetujejo z zdravnikom, da dobijo diagnozo. Po postavitvi diagnoze lahko nadzorni zdravnik predpiše močnejša zdravila proti bolečinam, če pripravki brez recepta niso zadostno lajšali bolečin. Dodatna zdravila, ki se lahko uporabljajo, vključujejo steroide, mišične relaksante in antikonvulzive.
Fizikalna terapija je pomemben del številnih programov zdravljenja za ljudi z motnjami mišičnega sistema. Terapevt lahko pomaga pacientu pri izvajanju varnih vaj, ki bodo mišice ohranjale aktivne in preprečile, da bi se izgubljale. Veliko teh vaj je mogoče izvajati doma, čeprav je najbolje, da se pred začetkom kakršnega koli novega načrta vadbe posvetujete z zdravnikom. Vodna aerobika običajno velja za najbolj udobno in koristno obliko vadbe za tiste z oslabljenimi mišicami.
Prehranska terapija se lahko uporablja kot možnost zdravljenja nekaterih motenj. Mnogi bolniki s težavami, povezanimi z mišicami, kažejo izboljšanje simptomov z dodajanjem dodatnih beljakovin v prehrano. Tisti z določenimi zdravstvenimi težavami, kot je bolezen ledvic, morda ne bodo mogli varno dodajati beljakovin v prehrano, zato se je treba najprej posvetovati z zdravnikom. Preproste krvne preiskave lahko ugotovijo, ali so prisotne kakšne specifične prehranske pomanjkljivosti, dodatke pa lahko priporoči ali predpiše zdravnik.
Podporne pripomočke za gibljivost lahko bolnikom z izčrpavajočimi motnjami mišičnega sistema pomagajo, da ostanejo vsaj delno neodvisni dlje časa. Nekateri ljudje bodo morda morali te naprave uporabljati le občasno, drugi pa jih bodo morda potrebovali trajneje. Zdravnik lahko posameznemu bolniku pomaga pri odločitvi o najprimernejši kombinaciji metod zdravljenja v določeni situaciji.