Odločitev o tem, kdaj izbrisati piškotke, bi morala temeljiti na varnostnih pomislekih glede spletne dejavnosti, hitrosti internetne povezave in pogosto obiskanih spletnih mestih. Ker so piškotki brskalnika namenjeni pospeševanju nalaganja pogosto obiskanih spletnih mest in spremljanju uporabe strani posameznega obiskovalca, imajo tako pozitivne kot negativne vrednosti. Številni programi za odkrivanje virusov bodo kot primarni vir svoje funkcije našli številne sledilne piškotke, ki so bili kopirani v uporabniške računalnike, in nastavitev za samodejno brisanje piškotkov te vrste je primerna. Čeprav so piškotki najbolj neškodljive vrste datotek, ki jih zazna virusna programska oprema, se namestijo tudi brez dovoljenja ali znanja uporabnika in lahko povzročijo vrzeli v varnostnih požarnih zidovih. Da bi povečali varnost vašega računalnika, je pogosto brisanje piškotkov najboljša možnost.
Redni postopek brisanja piškotkov iz računalnika običajno poskrbi za večino pomislekov. Čeprav so piškotki zasnovani tako, da pospešujejo dostop do spletnega mesta, koristijo predvsem trženjskim vidikom same spletne strani in ne obiskovalcu. Piškotki zavzamejo tudi zelo malo prostora na trdem disku računalnika, saj so majhne besedilne podatkovne datoteke, tako da jih je mogoče na tisoče shraniti na sodoben osebni računalnik, ne da bi na kakršen koli opazen način monopolizirali prostor.
Za piškotke obstaja več različnih imen, vključno s piškotkom protokola za prenos hiperteksta (piškotek HTTP), spletnim piškotkom ali piškotkom brskalnika, vendar so vsi shranjeni kot besedilne datoteke in opravljajo podobne funkcije. Njihova primarna in prvotna uporaba, ko je bila internetna hitrost v preteklih desetletjih precej počasnejša, je bila sledenje aktivnosti obiskovalca na spletnem mestu za namene trženja in optimizacije, ko se obiskovalec pozneje vrne. To bi omogočilo hitrejše nalaganje spletnih strani, oglaševanje, usmerjeno v specifične interese obiskovalca, ter vzdrževanje evidence podatkov o nakupovalnem vozičku, ki niso bili predhodno izpolnjeni.
Sledenje prometu na spletnem mestu omogoča tudi nekaj personalizacije, če je uporabnik na spletnem mestu izpolnil obrazec, kjer bi ga lahko nato naslovili po imenu, naložili grafiko glede na individualne interese in drugo. Glavna pomanjkljivost takšnih trženjskih praks je, da piškotki nikakor niso varne datoteke. Če vsebujejo občutljive podatke, shranjene na spletnem mestu ali jih posreduje obiskovalec, jih lahko zlahka prebere vsak, ki ve, kje se nahajajo, ali kdor jih lahko zajame, medtem ko se prenašajo po internetu.
Piškotki so dejansko dnevniške datoteke v realnem času o času, datumu in določeni dejavnosti uporabnika na računalniku, ko uporabnik komunicira s spletnimi mesti. Če se dostop do interneta pridobi v javnem ali delovnem okolju, je najbolje, da piškotke izbrišete po koncu internetne seje, da ohranite zasebnost. Če uporabnik še nikoli ni obiskal spletne strani, bo piškotek privzeto ustvarjen ob prvem obisku.
Čeprav je brskalnike mogoče nastaviti tako, da blokirajo prenos piškotkov, številna spletna mesta trdijo, da ne bodo delovala ali se nalagala pravilno, če je ta funkcija onemogočena. Sami po sebi so piškotki dokaj neškodljivi, vendar lahko hekerjem odprejo varnostno vrzel, da pridobijo podatke o računu, in so lahko sofisticiran zapis za shranjevanje internetnih dejavnosti. Najboljša praksa pri ohranjanju varnosti in zasebnosti je brisanje piškotkov ob vsaki priložnosti.