Pri konzerviranju čilija je ključnega pomena, da upoštevate uveljavljene splošne varnostne postopke in smernice za konzervirano hrano ter upoštevate tudi previdnostne ukrepe, ki so posebej povezani s konzervirano hrano z zelenjavo. Za varno konzerviranje čilija je ključnega pomena uporaba prave opreme za konzerviranje in zagotavljanje, da je čili pečen na primerni temperaturi za ustrezen čas. Če zelenjavo v čiliju v pločevinkah po obiranju pravilno ravnamo in konzerviramo, ne le da bo trajala dlje, ampak bo brez škodljivih bakterij.
Vsako leto poročajo o približno 25 primerih botulizma, predvsem zaradi živil, konzerviranih doma. Botulizem je resna paralitična bolezen, ki jo povzročajo bakterijski toksini, ki je, če se ne zdravi, lahko usodna. Spore botulina rastejo le v odsotnosti zraka, vendar se lahko hitro razmnožujejo v neustrezno konzervirani hrani. Domači proizvajalci pločevink naj uporabljajo samo parne tlačne pločevinke za konzerviranje čilija in morajo upoštevati priporočene čase postopka.
Čili vsebuje zelenjavo z nizko vsebnostjo kislin. Zelenjavo z nizko vsebnostjo kisline je treba predelati v parni tlačni posodi. Druge metode konzerviranja ne bodo dovolile, da bi izdelek dosegel 240 stopinj Fahrenheita (116 stopinj Celzija), temperaturo, ki je potrebna za odstranitev spor botulina. Običajno je treba standardno serijo čilija v pločevinkah kuhati 75 minut v posodi pod pritiskom na paro.
Pri konzerviranju čilija priporočamo svežo, mehko in mlado zelenjavo. Tlačni rezervoar je treba prilagoditi na višjih nadmorskih višinah, da doseže temperaturo 240° Fahrenheita (116° Celzija). Tlačno posodo je treba odzračevati 10 minut pred pritiskom. Preden čili v pločevinkah zaužijemo, ga je treba kuhati vsaj 10 minut.
Pri konzerviranju čilija je treba upoštevati druge splošne varnostne postopke za konzerviranje. Uporabljati je treba samo kozarce, ki so posebej zasnovani za konzerviranje. Kozarce je treba pred uporabo oprati v vroči vodi, dobro sprati in popolnoma posušiti. Mnogi ljudje raje sterilizirajo kozarce kot dodatno varnostno mero, tako da jih namočijo v vrelo vodo.
Pekoči čili previdno vlijemo v kozarce, tako da med vrhom kozarca in čilijem pustimo približno centimeter prostora. Za varno tesnjenje je potreben prostor za glavo. Z leseno ali plastično lopatico odstranite ves ujeti zrak tako, da počasi obračate kozarec, medtem ko lopatico premikate navzgor in navzdol ob straneh kozarca. Ko je kozarec očiščen in pokrov postavljen na vrh, je treba trak tesno priviti.
Dan po konzerviranju čilija je treba preveriti tesnila. Središče pokrova se ob pritisku ne sme premikati. Ko je tesno tesnjenje potrjeno, lahko trakove odstranite. Kozarci morajo biti označeni z datumom konzerviranja. Konzervirano hrano je treba hraniti na hladnem, temnem mestu.