Virus zagonskega sektorja je virus, ki postavi lastne kode in ukaze v zagonski sektor DOS računalnika ali glavni zagonski zapis (MBR). Ko ta vrsta virusa okuži sistem, je MBR običajno poškodovan in zagonsko zaporedje računalnika se spremeni. Virusi zagonskega sektorja so lahko nevarni in plodni, ker se ob vsakem zagonu naložijo v računalnik in se sčasoma lahko razširijo na druge berljive diske. Težave pri zagonu in zagonu, težave s pridobivanjem podatkov, nestabilnost delovanja računalnika in nezmožnost iskanja trdih diskov so vse težave, ki se lahko pojavijo zaradi okužbe.
Eden od glavnih načinov, kako je ta vrsta virusa v preteklosti okužila računalnike, je prek disket. Zaradi tehnološkega napredka ni nujno, da so ti diski staromodni zagonski diski, da bi poškodovali sistem; lahko so povprečni diski, ki so ostali v pogonih ob zagonu računalnikov. Virus lahko uspeva tudi v skupnih omrežjih, kjer se izmenjujejo datoteke in distribuirajo e-poštne priloge.
Na srečo je odstranjevanje virusa zagonskega sektorja enostavno in večina protivirusne programske opreme lahko virus odstrani hitro in učinkovito. Za uporabnike računalnikov je pomembno, da se prepričajo, da je protivirusna programska oprema popolnoma odstranila virus. Če tega ne storite, lahko pride do delne odstranitve, kar lahko privede do vpliva na drug del trdega diska. Vlaganje v protivirusno programsko opremo lahko pomaga tudi pri zaščiti podatkov in datotek med postopkom odstranitve.
Preprečevanje okužbe je tudi preprosto. Uporabniki naj se izogibajo delitvi disket in prenosu programske opreme iz neznanih virov, saj se virus lahko prenaša na oba načina. Odstranjevanje diskov iz pogonov pred zagonom računalnika lahko uporabnika tudi prihrani pred okužbo, saj se virus lahko nahaja na disketi. Namestitev protivirusne programske opreme v živo, ki aktivno ocenjuje grožnje stroju, lahko pomaga tudi pri odvračanju napadov.
Vsi uporabniki morajo biti pripravljeni na kakršen koli virusni napad. Na splošno je dobro redno varnostno kopirati datoteke. Če sistemske diske zaklenete, tako da virusi ne morejo pisati nanje, lahko zaščitite diske pred neželenimi vdori. Preverjanje vseh prenesenih aplikacij za viruse pred namestitvijo in zaklepanje disket, preden jih uporabite v računalniku drugega proizvajalca, lahko prav tako ohranite uporabniški osebni računalnik brez virusov.