Koncept, znan kot homomorfno šifriranje, v katerem je s šifriranim besedilom mogoče manipulirati in z njim delati, ne da bi ga dešifrirali, so znanstveni skupnosti leta 1978 prvič predstavili Ronald Rivest, Leonard Adleman in Michael Dertouzos kot homomorfizem zasebnosti. Semantično varno homomorfno šifrirno shemo sta razvila in predlagala Shafi Goldwasser in Silvio Micali leta 1982. Leta 2009 je Craig Gentry dokazal, da je možna popolnoma homomorfna šifrirna shema.
Rivest, Aldeman in Dertouzos so svojo teorijo razvili na podlagi dejstva, da obstoječi varnostni in šifrirni sistemi močno omejujejo zmožnost, da se karkoli naredi s podatki, potem ko so šifrirani in spremenjeni v šifrirano besedilo. Brez razvoja homomorfne rešitve je pošiljanje in prejemanje podatkov v bistvu edina funkcija, ki jo je mogoče izvesti s šifriranimi podatki. Največja pomisleka je bila raven računalništva, ki je potrebna za obdelavo šifrirane zahteve za šifrirane podatke, in ali bi bila lahko takšna šifrirna shema dovolj varna za praktično uporabo.
S pojavom in nenehnim širjenjem računalništva v oblaku je ključnega pomena, da najdemo izvedljivo homomorfno metodo šifriranja. V nasprotnem primeru je tveganje previsoko, da bi podatke zaupali ponudniku računalništva v oblaku, ko morajo ti podatki ostati varni. Če ima ponudnik na kakršen koli način dostop do podatkov v njihovi dešifrirani obliki, lahko podatki prelahko postanejo ogroženi. Gentry je dokazal, da je izvedljiva teorija, čeprav sta pomisleki količina časa, ki ga potrebujejo izračuni, in potencialna enostavnost, s katero je mogoče prekiniti šifriranje.
Gentryjev sistem opisuje, kako ustvariti šifrirno shemo, ki bo omogočila varno shranjevanje podatkov v okolju v oblaku, kjer lahko lastnik podatkov uporabi računsko moč ponudnika v oblaku za izvajanje funkcij na vztrajno šifriranih podatkih. To naredi v treh korakih. Zgrajena je šifrirna shema, ki jo je mogoče “zagnati” ali je sestavljena iz nekoliko homomorfne šifrirne sheme, ki lahko deluje s svojim lastnim vezjem za dešifriranje. Nato je z uporabo idealnih rešetk zgrajena shema šifriranja javnega ključa, ki jo je mogoče skoraj zagnati. Nazadnje so sheme spremenjene tako, da so bolj poenostavljene, kar jim omogoča, da jih je mogoče zagnati, hkrati pa ohraniti njihovo globino.
Ta metoda ustvari popolnoma homomorfno shemo šifriranja, vendar ostaja razmeroma nepraktična. Homomorfno šifriranje se je razvilo tako, da je večinoma zaščiteno pred napadi na izbrano golo besedilo, vendar zaščita pred napadi na izbrano šifrirano besedilo ostaja težava. Poleg varnostnega vprašanja so popolnoma homomorfne sheme tako velike in zapletene, da je časovni faktor onemogočal njihovo uporabo v večini aplikacij. Nekoliko homomorfni šifrirni sistemi so bili razviti za obravnavanje vsaj časovnega faktorja, pri čemer se uporabljajo samo najučinkovitejši deli popolnoma homomorfne sheme šifriranja.