Macintosh®, Microsoft Windows® in Linux® so nekateri priljubljeni namizni računalniški sistemi. Mac OS®, ki ga je zasnoval Apple®, je razmeroma drag sistem, znan po svoji prijaznosti do uporabnika. Microsoft Windows® se razvija od zgodnjih osemdesetih let prejšnjega stoletja in je najbolj razširjen računalniški operacijski sistem. Poleg tega je Linux® edini široko uporabljen odprtokodni operacijski sistem, ki ga lahko vsakdo prosto ureja in distribuira. Obstajajo tudi drugi namizni računalniški sistemi, vendar večina ni dovolj priljubljena, da bi resno tekmovala z velikimi tremi.
Kot eden najzgodnejših namiznih računalniških sistemov je Microsoft Windows® vnaprej nameščen na veliko večino novih računalnikov. Pravzaprav nekateri proizvajalci tudi pri prilagajanju osebnega računalnika (PC) strankam dajejo le možnost izbire med različnimi vrstami sistemov Microsoft Windows®. Za uporabnike z originalnimi kopijami operacijskega sistema Microsoft® ponuja brezplačen protivirusni program, programsko opremo za urejanje fotografij in še veliko več. Podjetje običajno preneha podpirati določen operacijski sistem manj kot eno desetletje po izdaji, kar pomeni, da ne kodira več posodobitev za hrošče ali gonilnike ali zagotavlja, da se lahko zaženejo novi programi.
Računalniki Apple® poganjajo operacijski sistem Mac OS®, ki se pogosto oglašuje kot uporabniku najbolj prijazen sistem. Za razliko od Microsoft Windows® se Mac OS® ne prodaja v veliko maloprodajnih računalnikih. Namesto tega mora potencialni uporabnik naročiti neposredno pri Applu®, čeprav to prinaša prednost, da lahko kupi zaščitni načrt AppleCare®. Računalniki Apple® in njihovi operacijski sistemi so postali kult privržencev zaradi enostavne uporabe, na primer, da jim ni treba kupiti zaščite pred virusi. Poleg tega, čeprav Mac OS® ni odprtokoden, se lahko uporabniki zlahka naučijo ustvarjati aplikacije Mac OS® za trgovanje z drugimi.
Linux® se razvija že od zgodnjih devetdesetih let prejšnjega stoletja s pomočjo na tisoče ljudi. Vsakdo ga lahko posodobi in ima zelo predano bazo oboževalcev, ki novim uporabnikom pomaga, da se navadijo na operacijski sistem. Linux® je najbolj priljubljena izbira sistema, ko gre za strežnike, in poganja najhitrejše superračunalnike na svetu.
Izbira med najbolj priljubljenimi namiznimi računalniškimi sistemi je lahko težavna za nekoga, ki še ni razvil preferenc. Vsi imajo svoje prednosti in slabosti; na primer, manj uporabljen sistem ima verjetno manj možnosti igranja iger. Pri izbiri operacijskega sistema ni “prav” ali “narobe”, ampak le osebne preference.