Ko gre za delovanje omrežja, skrbniki naletijo na številne težave z upravljanjem omrežja, kar olajša potrebo po omrežnih politikah in strategijah. Piratstvo in vdiranje sta pogosti težavi pri vodenju omrežja in to lahko precej stane podjetja, če jih ne nadzorujemo. Številna omrežja so brezžična, zato je ena od pogostih težav pri upravljanju omrežja zagotavljanje, da brezžične motnje ne preprečujejo delovanja omrežja. Mnoga omrežja se sčasoma povečajo, zato postane razširljivost problem za večino skrbnikov. Zaposleni pogosto potrebujejo programe, če želijo opravljati svoje delo, in namestitev programov na vsak računalnik in njihovo posodabljanje je lahko težavna.
Vdiranje in piratstvo lahko prizadeneta vsakega uporabnika računalnika, vendar večina hekerjev pogosteje posega po poslovnih omrežjih, kot cilja na običajne uporabnike. To je zato, ker imajo omrežja ponavadi dragocene informacije, ki jih je mogoče prodati drugim ljudem ali podjetjem. To pomeni, da morajo skrbniki nenehno paziti na hekerje. Medtem ko bodo požarni zidovi in protivirusna programska oprema ustavili nekatere hekerje, bodo morda morali skrbniki med napadom izvesti naprednejše varnostne ukrepe, da hekerju preprečijo pregloboko vdor v sistem.
Čeprav imajo brezžična omrežja številne prednosti, so dovzetna za motnje, kar je vzrok za eno od pogostih težav pri upravljanju omrežja. Brezžične motnje so lahko posledica številnih stvari in skrbniki se morajo potruditi, da te motnje ne povzročijo velikih izpadov. Motnje ni mogoče v celoti nadzorovati, ker jih naravni dejavniki preprečujejo, vendar lahko skrbniki poskušajo konfigurirati omrežja, tako da so motnje redek pojav.
Ker je za delovanje omrežja potrebnih vedno več podatkov in delavcev, je razširljivost ena najpogostejših težav pri upravljanju omrežja. Razširljivost vključuje rast omrežja, kar prisili skrbnike v izvajanje številnih nalog. Morda bodo potrebni novi strežniki, ki bi zahtevali več prostora za shranjevanje strežnikov; strežniki lahko povečajo obratovalne stroške zaradi energije in toplote; in ogromno količino potrebnega pomnilnika je treba ustrezno vzdrževati. Skrbniki so zadolženi za upravljanje nove velikosti omrežja, skupaj s povečanjem omrežja na najcenejši način.
Namestitev in upravljanje programske opreme za vse računalnike v omrežju je ena od težav pri upravljanju omrežja, ki je lahko zelo dolgočasna. Skrbniki morajo pregledati vsak računalnik, da zagotovijo, da ima vsak ustrezno programsko opremo, poleg tega pa morajo programsko opremo posodabljati. Običajno obstajajo programi, ki jih lahko skrbniki uporabijo za poenostavitev te naloge, vendar bo morda v nekaterih primerih še vedno potrebna ročna namestitev.