Sistemska kriptografija je praksa uporabe šifriranja za skrivanje informacij v računalniku. Raven izpopolnjenosti takšne kriptografije se je sčasoma povečala, vendar se še vedno zelo razlikuje. Izraz sistemska kriptografija uporablja Microsoft v nekaterih izdajah sistema Windows za nastavitev, ki lahko nastavi varnostne ravni računalnika, da ustreza uradnim standardom za vladne računalnike.
Zgodnje oblike kriptografije, dolgo pred računalniki, so preprosto vključevale zamenjavo posameznih črk s kodnimi črkami po doslednem vzorcu. Drugi sistemi vključujejo uporabo kodnih besed za zamenjavo določenih ukazov ali informacij. Prednost teh je bila, da so delovale preprosto in so bile enostavne za uporabo, če je prejemnik poznal uporabljen kodni sistem, vendar jih je bilo nepooblaščenim bralcem težko razvozlati.
Takšni sistemi pa niso primerni za računalniško tehnologijo. To je zato, ker je razbijanje šifrirnega sistema, znanega tudi kot algoritem ali šifra, dolgotrajen proces, vendar ni zapleten. Na primer, če sistem zamenja vsako črko z drugo v abecedi, je to mogoče rešiti tako, da preprosto preizkusite vsako možnost, dokler ne najdete sistema in šifriranega sporočila. To bi trajalo predolgo, da bi se večina ljudi ukvarjala s tem, vendar je to naloga, ki bi jo računalnik lahko opravil zelo hitro.
Sodobna sistemska kriptografija v veliki meri deluje podobno, vendar uporablja veliko bolj zapletene algoritme. To močno poveča čas, ki ga potrebuje celo računalnik, da razbije algoritem. Ena težava, ki ostaja, je, da hiter tempo izboljševanja računalniške moči in hitrosti pomeni, da algoritmi, ki so se nekoč zdeli tako zapleteni, da jih nikoli ni bilo mogoče premagati, postanejo zastareli. Nekatere algoritme je celo razbila banka igralnih konzol.
Morda je najpomembnejši razvoj sistemske kriptografije razvoj sistemov javnih in zasebnih ključev. Prej bi moral nekdo, ki je šifriral informacije, posredovati algoritem šifriranja ali “ključ” predvidenemu prejemniku. Če bi to skupaj z informacijami prestregel heker, bi podatke veliko lažje dešifrirali.
Sodobni sistem vključuje prejemnik, ki ustvarja algoritme, ne pošiljatelj. Prejemnik ustvari javni ključ, ki pove, kako naj bodo podatki kodirani, in povezan zasebni ključ, ki pove, kako naj se to posebno šifriranje dekodira. Javni ključ posredujejo pošiljatelju, ki nato podatke šifrira, kot zahteva. Na tej točki lahko samo prejemnik dešifrira podatke.
Windows XP in njegovi nasledniki vključujejo prilagodljive nastavitve za sistemsko kriptografijo. Najpomembnejši je »Skladno s FIPS«. To pomeni zvezni standard za obdelavo informacij, niz pravil, ki jih je treba upoštevati v računalniških sistemih, ki jih uporabljajo zvezne agencije. Pravila zahtevajo, da so posamezni algoritmi šifriranja odobreni za uporabo v skladu s standardom.