Programska oprema sistemskega skrbnika običajno vključuje širok nabor programov za spremljanje delovanja v sistemu in odzivanje na dogodke ali težave, ki se pojavijo. Običajni programi vključujejo orodja, ki jih lahko uporabi skrbnik za prevzem nadzora nad oddaljenim terminalom in programsko opremo za upravljanje računov in gesel. Obstajajo vrste programske opreme sistemskega skrbnika, ki se uporablja kot orodja za varnostno kopiranje in obnovitev, za zaščito podatkov, in programi za zagotavljanje zaščite pred zlonamerno programsko opremo. Druga orodja lahko vključujejo pripomočke za postavitev in spremljanje omrežij ter nadzor dostopa do njih.
Številni programi za sistemske skrbnike so razviti kot orodja za delo z računalniki, ki so del omrežja. V tej vlogi so lahko programi oddaljenega namizja precej učinkoviti. Ta vrsta programske opreme omogoča skrbniku, da prevzame nadzor nad računalnikom v omrežju in s programom odpravlja težave. Takšna programska oprema sistemskega skrbnika lahko celo omogoči popoln nadzor tipkovnice in miške, kot da bi skrbnik dejansko sedel na oddaljenem terminalu.
Obstaja tudi veliko programov, zasnovanih za dodelitev in nadzor nad računi v sistemu. To lahko vključuje programsko opremo sistemskega skrbnika, ki se uporablja za hitro ustvarjanje in distribucijo uporabniških imen ter nastavitev privzetih gesel. Vključeni so lahko dodatni nadzori varnosti in gesla, kot so programi, ki skenirajo gesla, da najdejo šibka ali ogrožena in pošljejo obvestilo skrbniku.
Za varnostno kopiranje in obnovitev podatkov v sistemu je bilo razvitih veliko orodij in programov. Takšna programska oprema sistemskega skrbnika lahko hitro naredi obnovitveni disk ali celotno sliko diska kot varnostno kopijo. Skrbniki uporabljajo tudi običajne programe, kot so protivirusna programska oprema in filtri za neželeno pošto, da zagotovijo varnost računalnikov, ki so del omrežja. Ta vrsta programske opreme sistemskega skrbnika je lahko podobna enostavnejšim različicam zaščitnih programov, vendar lahko skenira številne sisteme hkrati in skupaj posreduje informacije o njih.
Obstajajo tudi programi za postavitev omrežij, vključno z lokalnimi in večjimi omrežji, ki se povezujejo z internetom in strežniki izven lokalnega območja. Programsko opremo sistemskega skrbnika lahko uporabite za preizkušanje omrežnih povezav ter za ogled dohodnih in odhodnih podatkov za iskanje indikatorjev napadov ali zlonamerne programske opreme v omrežju. Skrbnik lahko izvaja tudi teste v omrežju, imenovane testi penetracije, da poišče terminale ali vrata v omrežju, ki so lahko ranljiva za napad. Za večje varnostno testiranje je mogoče uporabiti druga orodja, kot so programi, ki sprožijo napad na omrežje ali poskušajo vdreti geslo.