V bistvu obstajata dva načina za odstranjevanje podvojenih datotek: ročno in samodejno. Ročno odstranjevanje podvojenih datotek vključuje iskanje in brisanje datotek eno za drugo. Samodejno odstranjevanje se izvede s programom za iskanje podvojenih datotek, ki ga večina operacijskih sistemov nima vnaprej nameščenega. Včasih namesto samodejnega izbrisa vseh dvojnikov iskalniki podvojenih datotek uporabniku omogočajo, da izbere, katere datoteke naj odstrani, tako da je postopek samodejni in ročni. Številni iskalniki podvojenih datotek so oglaševalska programska oprema, podprta z oglaševanjem, kar pomeni, da lahko namestitev programa povzroči neželena pojavna okna ali pogoste zahteve za nakup celotnega programa.
Če je datotek za brisanje malo, ročno odstranjevanje podvojenih datotek verjetno ne bo trajalo dolgo. Ko uporabljate operacijski sistem Microsoft®, preprosto povlecite datoteko v koš, da jo začasno odstranite. Če ste prepričani, da je datoteka dvojnik, ki ga je treba izbrisati, izberite možnost Empty Recycle Bin pod Datoteka, da trajno izbrišete njeno vsebino. Pri uporabi računalnika Mac OS® je postopek podoben, vendar je namesto koša za smeti prikazana ikona za smeti. Ne glede na to, kateri operacijski sistem se uporablja, je začasno izbrisano datoteko običajno mogoče obnoviti, če koš za smeti ali koš ni bil izpraznjen.
Če želite samodejno odstraniti podvojene datoteke, prenesite in namestite ugleden iskalnik podvojenih datotek. Na voljo je ogromno teh programov, zlasti za operacijske sisteme Windows®. Zagon programa bo skeniral vaš računalnik za podvojene datoteke. Glede na zapletenost programa vas bo pozval, da izbrišete vse dvojnike ali vam dovoli, da izberete, katere želite obdržati, preden odstranite preostale. To je najhitrejši način za iskanje in brisanje veliko dvojnikov, vendar obstaja nekaj pomanjkljivosti; program je lahko na primer programska oprema, podprta z oglaševanjem, ali pa ga je treba kupiti, preden izbrišete dvojnike.
Ko iščete iskalnik datotek, ki bo odstranil podvojene datoteke, razmislite o izbiri tistega, ki je dobro pregledan, še posebej, če ste se odločili za nakup. Prav tako se prepričajte, da je program združljiv z operacijskim sistemom, ki ga uporabljate, preden ga prenesete. Če ste se odločili za nakup iskalnika podvojenih datotek, ga poskusite pred nakupom, da se izognete obtičanju s programom, ki se vam ne zdi koristen. Medtem ko nekateri programi nudijo 14- do 30-dnevno garancijo vračila denarja, vsi ne delajo, niti jim to ni zakonsko obvezno. Morda boste želeli tudi natisniti potrdilo o prejemu, če bo treba program pozneje znova prenesti.