Odvoz medicinskih odpadkov zahteva posebno skrb zaradi zelo nevarne narave medicinskih in biomedicinskih odpadkov. Te vrste odpadkov lahko vključujejo nevarne tekočine, trdne snovi, kemikalije in ostre predmete. Medicinski odpadki lahko predstavljajo resno tveganje za zdravje in okolje, če jih nepravilno odlagamo. Obstaja več pravilnih in razmeroma varnih metod za odstranjevanje in uničenje biološko nevarnih materialov, vključno z ločevanjem v barvno usklajene, označene in zaprte posode; parna sterilizacija; sežiganje; in drobljenje.
Medicinski odpadki izvirajo predvsem iz krajev, kjer se zdravijo in diagnosticirajo bolezni ali kjer se ravna z mrtvimi ljudmi in živalmi. Tipični kraji, kjer se redno zahteva odstranjevanje medicinskih odpadkov, so bolnišnice, bolnišnice, mrtvašnice, laboratoriji in veterinarske pisarne. Objekt se pogosto zanaša na zunanje izvajalce za odstranjevanje in ravnanje z medicinskimi odpadki, namesto da bi poskušal zanje skrbeti sam.
Večina metod odstranjevanja medicinskih odpadkov se mora začeti v objektih, kjer se proizvajajo. Za začetno zadrževanje različnih vrst nevarnih materialov običajno veljajo strogi postopki, ki v glavnem vključujejo njihovo ločevanje od drugih vrst odpadkov. Igle in druge ostre predmete, na primer, je treba zbirati v posebej označenih in obarvanih posodah; enako velja za druge biološke nevarnosti, kot so trupla, kemikalije, toksini in kontaminacije z virusi. To ne pomaga samo pri odstranjevanju predmetov, ampak tudi preprečuje navzkrižno kontaminacijo različnih oblik bioloških nevarnosti.
Čiščenje in sterilizacija medicinske opreme za večkratno uporabo je še ena oblika odstranjevanja medicinskih odpadkov. To so priljubljene metode in omogočajo varno nadaljnjo uporabo drage opreme. Metode čiščenja vključujejo sterilizacijo z mikrovalovno pečico, paro in kemično čiščenje. Človeško kri, na primer, na splošno lahko izlijemo v običajno kanalizacijo, potem ko je sterilizirana s paro.
Ko so zbrani, je pogosto potrebno medicinske odpadke uničiti, da se ne morejo vrniti v okolje. Sežig je priljubljena metoda uničevanja medicinskih odpadkov, kjer se jih uvede na izjemno visoke temperature in razstrupi. Vendar to velja le za nekatere vrste medicinskih odpadkov; sežiganje nekaterih vrst lahko v zrak vnese druge nevarne snovi, kot sta živo srebro ali dioksin. Podobno je mogoče ostre predmete stopiti ali razrezati, da se zmanjša možnost za bolj nevarne situacije in okoljske nesreče.
V mnogih državah odvoz nevarnih odpadkov ureja vlada zaradi splošne varnosti in blaginje svojih državljanov. V Združenih državah Amerike, na primer, Agencija za varstvo okolja (EPA) vzpostavlja predpise in smernice za varno odstranjevanje, prevoz in uničenje nevarnih odpadkov. V Združenem kraljestvu takšne smernice zagotavlja Agencija za okolje.