Biodizel je snov, podobna dizelskemu motorju na osnovi nafte, le da je namesto nafte narejen iz rastlinskih virov, kot so mikroalge in kokosovi orehi. Medtem ko se biodizel lahko pojavlja naravno v posebnih okoliščinah, so te okoliščine redke in lahko trajajo leta. Biodizelski reaktor skrajša čas in naredi proces polavtomatiziran ali popolnoma avtomatiziran, tako da je mogoče ustvariti komercialne količine biodizla. Obstajata dve glavni vrsti biodizelskih reaktorskih enot: strižni in ultrazvočni. Oba delujeta na biodizlo na različne načine, vendar oba vodita k ustvarjanju velikih količin biodizla z malo dela operaterja reaktorja.
Ves biodizel se začne kot surovina rastlinskega izvora. Nekatere surovine vključujejo mikroalge, kokosove orehe in rabljena ali deviška rastlinska olja. Biodizelski reaktor nato deluje na surovinah, da povzroči kemično reakcijo, imenovano transesterifikacija. V tem procesu se surovina loči na dve snovi: glicerin in metil estre.
Glicerin je stranski produkt procesa in je sladek alkohol. Po proizvodnji glicerin običajno uporabljajo druge industrije za izdelavo vlažilnih sredstev ali mil, tako da se glicerin ne zapravi ali zavrže. Druga snov, metil ester, je kemično ime za biodizel. Na tej stopnji se biodizel dodatno rafinira za ustvarjanje drugih biogoriv, pomešan z naftnim dizlom, da se ustvari mešanica dizelskega goriva, ki nudi trajnost in uporabnost pri nizkih temperaturah, ali pa se uporablja takoj brez mešanice ali dodatne predelave.
Ultrazvočni biodizelski reaktor uporablja ultrazvočne valove za ustvarjanje mehurčkov surovine biodizla. Mehurčki nastanejo in se zrušijo zaradi ultrazvočnih valov, kar povzroči reakcijo toplote in tlaka, zaradi česar se surovina transesterificira. Ultrazvočni biodizelski reaktor se običajno uporablja za velike ali komercialne potrebe, ker te enote težko ustvarijo manjše količine biodizla. Te enote običajno zahtevajo manj dela od operaterjev in delujejo z bolj avtomatskim tempom kot strižni reaktorji.
Reaktor s strižnim biodizlom se uporablja v laboratorijih, ki za testiranje potrebujejo majhne količine biodizla, lahko ga doma uporablja usposobljena oseba in se lahko razširi tudi za komercialno uporabo. Te enote uporabljajo toploto in zmanjšajo velikost kapljic surovine biodizla, da povzročijo transesterfikacijo. Proizvodnja biodizla običajno traja od 30 minut do štiri ure, odvisno od enote. Te enote zahtevajo več dela od operaterjev, vendar je sama enota bolj vsestranska pri ustvarjanju različnih pridelkov in deluje bolje s trdno surovino kot ultrazvočne biodizelske reaktorske enote.