Sir iz surovega mleka je narejen iz mleka, ki ni bilo pasterizirano, in nekateri zdravstveni delavci menijo, da predstavlja tveganje za zdravje, ki ni povezano s pasteriziranimi siri. O siru iz surovega mleka in o njegovi relativni nevarnosti je veliko razprav, čeprav je splošno soglasje, da se ga morajo izogibati nosečnice in imunsko pomanjkljive. Ta sir naj bi bil nevaren, ker prinaša večje tveganje za bakterijsko okužbo kot siri iz pasteriziranega mleka, še posebej, če se z njim slabo ravna.
Ko mleko pasteriziramo, ga segrejemo na visoko temperaturo in tam zadržimo določen čas, da ubijemo škodljive bakterije, kot so Listeria, E. Coli, campylobacter, salmonella in druge. Pasterizirano mleko ni tehnično sterilno; preprosto prinaša manj potencialnega bakterijskega tveganja kot surovo mleko. Vsi sveži siri, bogati z vlago, v Združenih državah so narejeni s pasteriziranim mlekom zaradi pomislekov glede okužbe. Še vedno pa je možno, da se pasterizirano mleko kontaminira, zato je treba z njim, kot z vsakim živilom, ravnati previdno in ga hraniti v ustreznem hladilniku.
Sir iz surovega mleka je bolj verjetno, da vsebuje škodljive bakterije, saj bakterije nikoli ne ubijejo s postopkom pasterizacije. Posledično, če se mleko med molžo ali siranjem kontaminira s katero koli bakterijo, se te bakterije pojavijo v končnem izdelku. Potrošniki bi bili nato izpostavljeni bakterijam, ki bi lahko povzročile vse od blage želodčne stiske do smrti. Iz tega razloga številne države, vključno z Združenimi državami, omejujejo prodajo sira iz surovega mleka zaradi skrbi za javno zdravje.
Obstaja dolga kulinarična tradicija sira iz surovega mleka in nekateri potrošniki menijo, da je boljši od pasteriziranega sira. Zaradi tega iščejo sire iz surovega mleka in so pripravljeni tvegati bakterijsko okužbo v iskanju kulinaričnega užitka. S staranjem sir postane bolj kisel, kar pomeni, da je starejši sir iz surovega mleka veliko bolj varen za uživanje. Nekatere organizacije, kot je Uprava za hrano in zdravila, menijo, da okus ni vreden zdravstvenega tveganja, in ne dopuščajo uživanja mlečnih izdelkov iz surovega mleka.
Konec koncev se razprava o surovem mleku in pasteriziranem mlečnem siru nanaša na nadzor okužb in kontaminacije. Večje izbruhe bolezni, ki se prenašajo s hrano, se lahko prenašajo s pasteriziranim mlekom, ki je bilo kontaminirano s proizvodnim postopkom prav tako enostavno kot s surovim mlekom. Na splošno je treba z mlekom in sirnimi izdelki ravnati previdno in jih zavreči, če so potrošniku videti, imajo vonj ali okus.
Pasterizacija je le en del nadzora okužb in mlekarna, ki je čista in sterilna, bi morala proizvajati zdravo mleko. Če se kravam dovoli pohajkovanje, vzdrževanje čiste in ustrezno veterinarsko oskrbo, bo tudi manj verjetno, da bodo prenašale potencialno škodljive bakterije, ki bi jih prenesle na potrošnike. Pri nakupu sira iz surovega mleka je odlična ideja, da se obrnete na vir, da si lahko pred nakupom sirnega izdelka osebno ogledate pogoje za čistočo. Vsaka ugledna mlekarna z veseljem razkaže gostom svoj objekt in pokaže korake za zmanjšanje tveganja bakterijsko onesnaženega mleka.