Obstaja veliko razlik med vitko in agilno proizvodnjo, vključno s proizvodnim slogom, ravnjo zalog in zmožnostmi prilagajanja. Tehnika vitke proizvodnje temelji na strategiji množične montažne linije z mešanico zaposlenih in strojev, ki ustvarjajo izdelke od najmanjših komponent do večjih zunanjih sklopov. Nasprotno pa je agilna proizvodnja odvisna predvsem od avtomatizacije proizvodnje in modularnih kosov, da tvorijo želeni izdelek.
Glavna razlika med vitko in agilno proizvodnjo je konfiguracija proizvodnje. Vitka proizvodnja se močno zanaša na zaposlene pri fizični izdelavi dela ali skupine delov; ta del izdelka se prenese na drugega zaposlenega za pritrditev dodatnih komponent. Avtomatizirani stroji se lahko dodajo vzdolž montažne linije za zaposlene za natančnejšo proizvodnjo, kot je poravnava elektronskih komponent na tiskanem vezju (PCB).
Za primerjavo, agilna proizvodnja uporablja avtomatizacijo kot svojo glavno proizvodno strategijo. Število zaposlenih se zmanjša, da se prihranijo stroški dela; delavci, ki ostanejo ob proizvodni liniji, so običajno prisotni za prilagajanje ali popravilo robotskih strojev, kadar je to potrebno, namesto da bi fizično ustvarili izdelek. Posledično je proizvodna linija učinkovita in stroškovno učinkovita za podjetja in potrošnike.
Ravni zalog se med tema dvema slogoma proizvodnje močno razlikujejo. Vitka proizvodnja zahteva številne majhne dele, od podložk do vijakov, za izdelavo izdelka; obilica različnih delov prispeva k visokim pristojbinam za skladiščenje zalog. Nasprotno pa je agilna proizvodnja odvisna od modularne konstrukcije delov. Ta standardizirana struktura delov omogoča izdelavo različnih izdelkov z enakimi nekaj moduli na zalogi, kar prispeva k nižji ravni ponudbe.
Vitki in agilni proizvodni procesi se razlikujejo tudi glede na to, kako enostavno je mogoče izdelke prilagoditi v okviru posameznega sistema. Spreminjanje katerega koli dela izdelka v vitki proizvodnji za prilagoditev njegovega delovanja ali videza zahteva preoblikovanje notranjih in zunanjih delov ter ustvarjanje prototipov za preverjanje funkcionalnosti. Izdelki po meri so izjemno dragi zaradi visokih stroškov te raziskave in oblikovanja. Poleg tega je proizvodna linija prekinjena med posodabljanjem za proizvodnjo prilagojenega izdelka, kar negativno vpliva na običajne proizvodne čase in stroške.
Nasprotno pa lahko agilna proizvodnja sprejme naročila izdelkov po meri, saj je modularno konstrukcijo mogoče hitro spremeniti. Proizvodna linija mora preprosto prilagoditi ali dodati nove module obstoječemu izdelku. Posledično lahko potrošnik kupi izdelek po konkurenčnih cenah po meri, ne da bi oviral normalno poslovno proizvodno linijo. Mnogi potrošniki bodo iskali izdelke pri podjetjih, ki so lahko specializirana za ta način. Tako vitki kot agilni proizvodni procesi lahko zadovoljijo potrebe strank, vendar z neposrednim vplivom na stroške končnega izdelka.