Morda je najboljši način za razkuževanje zdravilišča, da ga izpraznite po vsaki uporabi, vendar to običajno ni mogoče, niti ni okolju prijazno. Bakterije kopalcev se lahko razvijejo v kadi, zato bo treba uporabiti razkužilo v zdravilišču, da ubijete potencialno škodljive bakterije in ohranite pravilno delovanje opreme zdravilišča. Klor je morda najpogosteje uporabljeno razkužilo v zdravilišču, in čeprav je učinkovit pri ubijanju bakterij, je lahko oster za kožo in oči. Na voljo so tudi druge možnosti, kot je brom, in brom ni tako razjed na koži kot klor.
Klor kot razkužilo v zdravilišču je dokaj poceni in ga je enostavno hitro in učinkovito dodati v zdravilišče. Ubil bo večino bakterij v kadi in lahko do določene mere celo pomaga očistiti motno vodo. Kdor se je kopal v masažni kadi ali bazenu, pa bo prepoznal značilen vonj klora. Vonj tega zdravilišča za razkuževanje je lahko prevladujoč in neprijeten, klor pa bo verjetno izsušil kožo kopalcev, kar bo povzročilo srbenje in celo rdečico. Klor lahko povzroči tudi pekoč občutek v očeh, zato se mnogi kopalci poskušajo izogibati kloru, kadar je le mogoče.
Brom je dobra alternativa kloru kot razkužilo v zdravilišču. Prav tako je dokaj poceni in ga je enostavno dodati v zdraviliško vodo, za razliko od klora pa bo brom v vodi ostal aktiven veliko dlje časa. Čeprav ima brom lahko vonj, običajno ni tako močan kot po kloru. Morda je največja pomanjkljivost broma njegova nagnjenost k znižanju pH vrednosti vode. To pomeni, da bo moral lastnik zdravilišča ali oseba, ki vzdržuje enoto, porabiti več časa za spremljanje vode v zdravilišču in prilagajanje ravni pH, da bo varno in udobno.
Mineralni čistilci so razmeroma nove možnosti za razkuževanje zdravilišč in so manj jedki na koži, da ne omenjamo izjemno dolgotrajne. Te vrste dezinfekcijskih sredstev so običajno v obliki palic in se vstavijo v filtre zdravilišča. Ena največjih pomanjkljivosti te vrste zdravil za razkuževanje so stroški: mineralni čistilci so verjetno veliko dražji od klora in broma. Čeprav so lahko učinkoviti pri ubijanju bakterij, je večja verjetnost, da jih je mogoče premagati kot klor in brom, kar pomeni, da voda morda ni tako zanesljivo čista.