Noben znanstveni dokaz ne povezuje diete brez glutena z izboljšanjem simptomov avtizma, vendar nekateri starši poročajo o močnih povezavah med glutenom in avtizmom pri svojih otrocih. Tema glutena in avtizma sproža polemike in razprave med medicinsko skupnostjo, saj nekateri zdravniki priporočajo dieto brez glutena za pomoč avtističnim otrokom. Raziskovalci, ki preučujejo gluten in avtizem, ne poročajo o pomembnih izboljšavah pri otrocih na prehrani.
Povezava med glutenom in avtizmom temelji na teoriji beljakovin, ki jih najdemo v pšenici, ječmenu in rži. Zagovorniki diete pravijo, da se te beljakovine, imenovane peptidi, ne razgradijo v prebavilih avtističnih otrok in pospešujejo sproščanje opiatov. Opiati delujejo podobno kot morfij, saj blokirajo signale bolečine, kar lahko povzroči ponavljajoče se vedenje in težave s koncentracijo. Ta kemična dejanja vplivajo na centralni živčni sistem in možgane kot narkotična droga.
Strokovnjak v Združenem kraljestvu je to stanje poimenoval avtističen enterokolitis, vendar se imenuje tudi sindrom uhajajočega črevesja. Novice o možni povezavi med glutenom in avtizmom so se hitro razširile po vsem svetu in staršem dale upanje, da bi dieta brez glutena zmanjšala pogoste simptome pri avtističnih otrocih. Vendar pa ni znanstvenih dokazov o sindromu puščajočega črevesja ali avtističnem enterokolitisu.
Nekateri starši avtističnih otrok poročajo o koristih, ko so iz prehrane odstranili hrano, ki vsebuje gluten. Pravijo, da so njihovi otroci pridobili daljšo pozornost in so bili bolj nagnjeni k očesnemu stiku z drugimi. Drugi poročajo o manj vedenjskih težavah, kot so napadi besa, ponavljajoči se gibi in napadi agresije. Nekateri starši so ugotovili, da so njihovi otroci sposobni obvladati preproste naloge na dieti, na primer oblačenje in uporabo kopalnice.
To zdravljenje običajno vključuje odstranitev kazeina iz prehrane, beljakovine, ki jo najdemo v mlečnih izdelkih, ki je nekateri ljudje ne morejo v celoti prebaviti. Dieto brez glutena in kazeina običajno uporabljajo starši, ki želijo izboljšati simptome avtizma. Običajno nadomeščajo drugo hrano, da zagotovijo, da njihovi otroci prejmejo zadosten vitamin D, kalcij in beljakovine.
Dieto je težko vzdrževati, ker so otroci z avtizmom lahko izbirčni in imajo raje določena živila, zlasti tista, ki vsebujejo gluten in kazein. Pravzaprav nekateri starši poročajo, da njihovi otroci hrepenijo po tej hrani in trpijo zaradi odtegnitvenih simptomov, ko so na dieti brez glutena. Nekateri zdravniki predlagajo, da dieto vzdržujete eno leto, da dosežete rezultate.
Nasprotniki teorije glutena in avtizma verjamejo, da so vse vedenjske spremembe, ki jih opazimo pri otrocih na dieti, verjetno posledica drugih terapij, ki izboljšajo duševni in vedenjski razvoj, zlasti v obdobju enega leta. Nekateri zdravniki pravijo, da dieta preprosto zdravi gastrointestinalne simptome, ki so običajno povezani z avtizmom, vendar le malo vpliva na vedenje. Strinjajo se, da je dieta postala priljubljena, vendar pravijo, da ni znanstveno utemeljena.