Na raven homocisteina v telesu lahko vpliva veliko različnih dejavnikov, ki so lahko zelo pomembni, saj je znano, da so povišane vrednosti povezane s povečanim tveganjem za nastanek krvnih strdkov, srčnih napadov in kapi. Nekatere genetske motnje lahko povzročijo težave z razgradnjo homocisteina, kar povzroči zvišanje ravni. Ljudje, ki ne dobijo dovolj nekaterih vitaminov B, imajo lahko tudi povišane ravni. Številna zdravstvena stanja, vključno z boleznimi ščitnice in ledvic, lahko vplivajo na količino aminokislin, kot tudi nekatere vrste zdravil. Pri ženskah je pogosto dejavnik starost, predvsem zato, ker lahko spreminjanje ravni hormonov povzroči spremembe v ravni homocisteina.
Ljudje z genetskimi motnjami, zaradi katerih molekule mediatorja, ki pomagajo pri razgradnji homocisteina, ne delujejo ali jih manjkajo, imajo na splošno povišane ravni. Homocistinurija, resno stanje, ki se običajno diagnosticira v otroštvu, kjer molekul mediatorja niso prisotne, povzroča nešteto težav, povezanih z izjemno visokimi ravnmi homocisteina v krvi. Lažje stanje je hiperhomocisteinemija, kjer so molekule mediatorja prisotne, vendar ne delujejo na optimalni ravni.
Vitamini B imajo tudi pomembno vlogo pri ravni homocisteina pri človeku. Folna kislina, vitamin B6 in vitamin B12 so kritični za razgradnjo homocisteina in pomanjkanje le-teh povzroči zvišanje ravni. Tisti, ki s svojo prehrano ne dobijo dovolj teh vitaminov, bodo morda morali vzeti dodatek ali jesti več živil, ki jih vsebujejo, da se raven homocisteina povrne v normalno stanje.
Nekatere zdravstvene težave lahko povzročijo zvišanje ravni homocisteina. Težavo lahko povzroči zmanjšana proizvodnja ščitničnih hormonov, prav tako pa tudi bolezen ledvic. Lahko je kriva tudi kožna motnja luskavica.
Zdravila lahko povzročijo tudi nihanja ravni homocisteina v človeškem telesu. Jemanje kontracepcijskih tablet lahko pomaga znižati ravni, saj povečajo raven estrogena, za katerega se zdi, da vpliva na homocistein. Bolniki, ki jemljejo zdravila za epilepsijo, imajo lahko večje količine homocisteina. Drugo zdravilo, ki lahko povzroči zvišanje ravni, je metotreksat.
Ženske lahko med življenjem doživijo premik v ravneh homocisteina zaradi sprememb ravni estrogena. Nosečnice pogosto opazijo, da se njihova raven zniža, saj imajo več estrogena kot običajno. Starejše ženske, ki so šle skozi menopavzo, ko se raven estrogena naravno zniža, običajno opazijo, da se njihov homocistein poveča. Jemanje dodatkov estrogena jih lahko zmanjša.