Funkcionalne ciste na jajčnikih so običajno stanje pri mnogih zdravih ženskah z menstruacijo in so običajno benigne. Veliko žensk se pravzaprav niti ne zaveda, da jih imajo, ker so pogosto asimptomatične. Včasih pa cista postane tako velika, da njene stene oslabijo, kar povzroči, da poči. Simptome rupture ciste jajčnikov je morda težko prepoznati, ker je splošna bolečina, povezana s cisto, ki ni počila, lahko podobna tisti pri rupturi. V drugih primerih je lahko bolečina v predelu medenice ostra in huda, v spodnjem delu trebuha pa je lahko občutek pritiska; lahko so prisotni tudi neredni menstrualni ciklusi ali občasne madeže, slabost in bruhanje.
Čeprav so ciste na jajčnikih pogosto prisotne brez simptomov, nekatere ženske ugotovijo, da povzročajo blago, a boleče nelagodje – zlasti pred in neposredno po menstrualnem ciklusu. To velja tudi za počeno rast, čeprav lahko počena cista jajčnikov povzroči močnejšo, zbadajočo ali zbadajočo bolečino v medenici, ki se lahko razširi na spodnji del hrbta. Ta bolečina lahko postane še posebej opazna med spolnim odnosom ali po njem, med vsakodnevnimi telesnimi aktivnostmi ali vadbo ali med gibanjem črevesja ali uriniranjem. Poleg bolečine se lahko spodnji del trebuha raztegne, kar lahko povzroči občutek pritiska v predelu, ki je običajno občutljiv na dotik.
Simptomi rupture ciste jajčnikov pogosto motijo menstrualni ciklus, vendar se lahko zelo razlikujejo od osebe do osebe. Večina žensk bo opazila nepravilnosti v svojem menstrualnem ciklusu, kar lahko spremeni trajanje menstruacije ali datume, ko se pojavi, ali pa njihova menstruacija popolnoma preneha. V nekaterih primerih se lahko količina krvavitve znatno poveča ali zmanjša.
Poleg bolečine in nerednega menstrualnega ciklusa lahko drugi simptomi vključujejo otekanje ali občutljivost dojk, prebavne motnje ali pline, drisko ali zaprtje, pogosto potrebo po uriniranju, izgubo apetita, bledo kožo, šibkost, bruhanje in omotico. Ti simptomi lahko kažejo na okužbo ali notranjo krvavitev. Vsakdo, ki ima te simptome, mora čim prej oskrbeti zdravnika.
V mnogih primerih se bodo nepoškodovane ciste jajčnikov odpravile same; vendar morajo ženske, ki menijo, da imajo rupturo ciste jajčnikov, poiskati zdravniško pomoč, saj lahko zapleti postanejo življenjsko nevarni. Glede na resnost primera bodo mnogi zdravstveni delavci poskušali stabilizirati bolnikovo stanje, nato pa težavo zdraviti z antibiotiki. Če se pojavijo zapleti, bo morda potreben kirurški poseg.