Glede na invazivnost posega je večina zapletov pri lumbalni punkciji redka. Najpogostejši zaplet je glavobol, ki se pojavi pri približno štirih od desetih bolnikov z lumbalno punkcijo in običajno izzveni v enem tednu. Drugi zapleti so resnejši, vendar se pojavljajo veliko manj pogosto. Meningitis, poškodba živčnih korenin in dolgotrajna bolečina v hrbtu so med možnimi, čeprav redkimi zapleti pri lumbalni punkciji.
Glavobol, ki se pojavi po lumbalni punkciji, se imenuje postduralni punkcijski glavobol. Njeni vzroki niso znani. Pogosteje se pojavlja pri ženskah kot pri moških in manj pogosto pri mlajših in starejših bolnikih. Številne študije kažejo, da izbira igle, uporabljene za lumbalno punkcijo, vpliva na pojavnost teh vrst zapletov pri lumbalni punkciji. Zdi se, da igle s konico svinčnika v nasprotju s poševnimi iglami znatno zmanjšajo pojav postduralnih prebodnih glavobolov.
Študije kažejo, da niti počitek v postelji niti daljša nagnjenost ne preprečita postduralnega glavobola s punkcijo. Peroralni kofein zagotavlja prehodno olajšanje, vendar je kratkotrajen in ne bo odpravil glavobola. Najučinkovitejše zdravljenje je epiduralni krvni obliž. Obliž se namesti postpunkturno in zagotavlja olajšanje za do 98 odstotkov bolnikov, ki imajo postduralni punkcijski glavobol.
Resni zapleti pri lumbalni punkciji vključujejo hernije tonzil, intrakranialne krvavitve in okužbe. Te vrste zapletov so redke. Nekateri zapleti se pogosteje pojavijo pri bolnikih, katerih zdravje ali stanje je ogroženo. Bolniki z resnimi obstoječimi zdravstvenimi težavami so bolj nagnjeni k razvoju nevarnih zapletov zaradi lumbalnih punkcij.
Vzorce cerebrospinalne tekočine vzamemo z lumbalno punkcijo. Ta tekočina obdaja možgane in hrbtenjačo. Pregled tekočine lahko pomaga pri diagnosticiranju bolezni, kot so meningitis, multipla skleroza in možganska krvavitev. Včasih se postopek izvede za določitev sprememb cerebrospinalnega tlaka. Razlika v tlaku pred odstranitvijo tekočine in po odstranitvi tekočine lahko pomaga pri diagnozi možganskega tumorja ali okužbe.
Lumbalne punkcije izvajajo nevrologi ali drugo usposobljeno medicinsko osebje. Postopek se običajno izvaja na spodnjem delu hrbta. Zdravniki najprej očistijo, sterilizirajo in včasih anestezirajo območje okoli mesta, izbranega za punkcijo. Vstavijo iglo med vretenca in se premaknejo v prostor, napolnjen s cerebrospinalno tekočino. Ko je tekočina odvzeta, zdravniki odstranijo iglo in pokrijejo punkcijo s sterilnim povojem.