Endemična malarija je malarija, ki ostaja naravno in dosledno prisotna v regiji, ker obstaja veliko prenašalcev bolezni, kar zagotavlja, da se bo še naprej prenašala skozi družbo. Države, kjer je malarija endemična, se nahajajo predvsem v tropih in so ponavadi države v razvoju z omejeno javnozdravstveno infrastrukturo za boj proti bolezni. Boj proti malariji po vsem svetu je vključeval poudarek na obravnavanju endemične malarije s ciljem, da jo izkoreninimo iz teh regij, da bi odstranili naravne rezervoarje bolezni.
Malarija postane endemična za več regij. Ta parazit kot del svojega življenjskega cikla potrebuje komarje določenih vrst, zato ne more postati endemična v regijah, kjer te vrste niso podprte. Tropi so ponavadi zelo gostoljubni za komarje zaradi toplote in zadostnih zalog stoječe vode. V regijah, kjer je nadzor komarjev omejen, je lahko težko preprečiti, da bi okužene žuželke ugriznile ljudi in prenesle okužbo naprej.
Če človeška populacija uporablja profilakso proti malariji, ti ugrizi niso problem, saj paraziti v telesu ne morejo preživeti. Nedosledna ali neobstoječa uporaba profilakse pa ustvarja pot do okužbe z malarijo, okuženi bolniki pa bodo nadaljevali življenjski cikel parazita, komarji pa se hranijo z njimi in pobirajo okuženo kri ter tako ohranjajo bolezen. Ljudje tudi potujejo, s seboj prinesejo parazite in ustvarijo neskončno zalogo novih vektorjev.
Prizadevanja za zatiranje endemične malarije vključujejo poskuse omejevanja populacij komarjev in stika med žuželkami in ljudmi, kot so uporaba pesticidov, pregledovanje domov in postelj, da se prepreči, da bi žuželke prišle v notranjost, in odmerjanje ljudem spojin, za katere je znano, da povzročajo neplodnost pri komarjih, s čimer se prepreči žuželke iz vzreje. Zagotavljanje cenovno dostopne profilakse in zdravljenja malarije je še en ukrep za reševanje tega problema. Popotnikom v regije z endemično malarijo običajno svetujemo, naj jemljejo preventivna zdravila, da virusa ne nosijo s seboj domov.
V državah, kjer je javna zdravstvena infrastruktura pomanjkljiva in slabo podprta, se je težko boriti proti endemski malariji. Morda obstajajo regije, kjer imajo ljudje virus pod nadzorom, v drugih pa je lahko zelo razširjen in zelo pogost. Ko ljudje potujejo med regijami, s seboj prenašajo parazite sem ter tja, kar ustvarja nove izbruhe bolezni. Dosledne in celo politike nadzora nad malarijo morajo tudi preseči meje, saj strog program v eni državi ne bo prinesel veliko koristi, če ima sosednja država neučinkovit program za nadzor malarije.