Ko gre za razlike med Aspergerjevo boleznijo in avtizmom, obstaja velika zmeda. Zdi se, da imajo celo zdravstveni delavci težave pri določanju jasne meje med obema stanjema. Pogosto se preprosto spusti v kategorijo ljudi glede na posebne lastnosti, ki jih izkazujejo, na primer, kako uporabljajo jezik. Vendar pa nekateri ljudje trdijo, da sta Aspergerjeva bolezen in avtizem dejansko isto stanje in bi morala oba spadati pod naslov avtizma.
Pomembno je razumeti pervazivne razvojne motnje (PDD), ko poskušate ugotoviti razlike (ali njihovo pomanjkanje) med Aspergerjevim in avtizmom. PDD so nevrobiolokalne motnje, ki vključujejo širok spekter stanj, vključno z Aspergerjevo boleznijo in avtizmom. PDDS zaznamujejo veliko zamude ali občutno pomanjkanje socialnih in jezikovnih veščin. Oseba s PDD ima običajno težave pri komunikaciji z drugimi in razumevanju jezika. Ljudje s temi boleznimi pogosto ignorirajo ali ne razumejo izrazov obraza in morda ne vzpostavijo očesnega stika, kot večina ljudi pričakuje v družbenih situacijah.
Avtizem je najbolj znano stanje, razvrščeno kot PDD. Avtisti so videti tako kot vsi drugi. Njihovo vedenje je drugačno in zdijo se umaknjeni in se pogosto upirajo spremembam. Nagnjeni so k napadom besa, tresejo se, mahajo ali premikajo svoje telo na nenavadne načine ter se smejijo ali jočejo brez razloga.
Ljudje z avtizmom se lahko igrajo na način, ki se zdi čuden, in kažejo obsesivno navezanost na določene predmete. Lahko se obnašajo, kot da so gluhi, ignorirajo besedne namige, ponavljajo določene besede znova in znova ali so popolnoma neverbalni. Pri tistih, ki so verbalni, je pogosto očitno pomanjkanje sposobnosti za začetek pogovora.
Aspergerjev sindrom se pogosto obravnava v spektru avtizma. Oseba z Aspergerjevo boleznijo lahko kaže čudne ali nenormalne verbalne komunikacijske sposobnosti. Prav tako se lahko izogiba odnosom z vrstniki, nima zanimanja za druge, ne vrača čustvenih občutkov, oblikuje obsesivno navezanost na subjekte, ki jih zanima, in ima ponavljajoče se vedenje. Lahko kaže ponavljajoče se gibe, na primer mahanje ali zvijanje. Zanimivo je, da ljudje z Aspergerjevo boleznijo na splošno ne doživljajo zamud pri govornem ali kognitivnem razvoju in so pogosto zelo radovedni glede svojega okolja.
Pomembno je omeniti, da vsi ljudje z Aspergerjevo boleznijo in avtizmom nimajo sposobnosti za normalno delovanje. Nekateri veljajo za zelo delujoče in so sposobni skrbeti zase in sodelovati v družbi. Vendar pa se ti ljudje običajno obravnavajo kot čudni ali ekscentrični, ker imajo še vedno vedenje, ki se ne ujema s tistim, kar večina ljudi smatra za normalno.
Ker sta Aspergerjeva bolezen in avtizem tako podobna, nekateri ljudje potegnejo mejo med obema pri razvoju jezika in družbenem zavedanju. Zdi se, da imajo ljudje z Aspergerjevim sindromom običajno bolj normalen jezikovni razvoj, čeprav imajo mnogi še vedno neurejene jezikovne in komunikacijske sposobnosti. Ljudje z Aspergerjevo boleznijo se tudi bolj zanimajo in se zavedajo socialnih interakcij kot tisti z avtizmom. Vendar pa je treba socialne veščine učiti in celo vaditi, saj ljudem s tem sindromom na splošno niso naravne.