Naturopatsko testiranje na splošno vključuje analizo telesnih funkcij z uporabo netradicionalnih medicinskih metod. Včasih se odvzamejo vzorci krvi za naturopatske preiskave, lahko pa se opravi tudi analiza delovanja srca. Računalniške instrumente je mogoče uporabiti za analizo energije živčnega sistema prek akupunkturnih točk, druge analize pa lahko pomagajo določiti intoleranco na hrano, imunske težave in toksine, povezane s specifičnimi organi. Prebavna funkcija je pogosto del naturopatskega testiranja, tako kot analiza telesne maščobe, vode in sestave kosti.
Velikokrat se testi in analize vzorcev opravijo v podjetju z naturopatskim testiranjem. Specialist lahko po potrebi pošlje vzorce tudi v laboratorij. Ta vrsta medicinskega testiranja se običajno osredotoča na telesno energijo, vključno s tem, kako naj bi se nanašala na sistemsko ravnovesje in zdravje različnih organov. Testiranje pogosto zahteva vzorce bolnikove krvi. Včasih se to naredi z odvzemom krvi iz prsta; mikroskopska analiza se pogosto izvaja za odkrivanje pomanjkanja vitaminov in mineralov ter toksičnih ravni različnih snovi.
Pri delu s krvjo se lahko odkrijejo tudi visoke ravni maščob in pomanjkljivosti v jetrih. Test, imenovan Digital Pulsewave Analysis, je običajno sposoben izmeriti zdravje arterij in določiti njihovo biološko starost; s tem testom je mogoče oceniti tudi tveganja za sorodne bolezni. Naturopatsko testiranje ne more le podrobno spremljati delovanja srca, ampak tudi delovanje avtonomnega živčnega sistema skupaj z nevrološkimi sistemi, ki so povezani s stresom in stanjem mirovanja. Biološki regulacijski procesi se pogosto na ta način merijo tudi v naturopatski medicini.
Drugi postopki, vključeni v naturopatsko testiranje, lahko vključujejo analizo biokemije telesa. Urin, slina in kri se pogosto testirajo na encime in molekule ter aminokisline, ki so potrebne za normalno delovanje. S takšnimi metodami se včasih analizirata imunost in strupenost kovin, da bi našli presežke potencialno škodljivih elementov. Elektrodermalno testiranje na splošno vključuje odčitke iz akupunkturnih točk, za katere zdravniki naturopati menijo, da profilirajo delovanje notranjih organov.
Toksine in minerale lahko odkrijemo tudi s testiranjem las, saj je v njih skoncentrirano veliko teh snovi. Raziskave v naturopatski medicini so pokazale, da so nekatera zdravila za zdravljenje oči, imunskega sistema in jeter ter bolečine pogosto učinkovita za različne starostne skupine. Pogosto se izvajajo testiranja različnih telesnih funkcij, naturopatijo kot obliko zdravstvenega varstva pa še naprej preučujejo različne raziskovalne skupine, povezane z velikimi inštituti in univerzami.