Znaki intolerance na mleko pri dojenčkih se običajno pokažejo približno 30 do 60 minut po hranjenju. Začne se z bolečino v želodcu, sledita grimasa in neutolažljiv jok. Pogosto se bo otrok zaradi nelagodja začel zvijati. Ti simptomi se običajno pojavijo šele po procesu hranjenja, vendar bo splošna razburjenost najverjetneje vztrajala ves dan.
Intoleranca na mleko pri dojenčkih se razvije zaradi nezmožnosti pravilne prebave laktoze, ki jo najdemo v človeškem in živalskem mleku, pri čemer bolečino povzroča prekomerna proizvodnja plinov. Vendar ne gre za alergijo na mleko, ki je alergična reakcija na beljakovine v kravjem mleku. Simptomi alergije na mleko so različni in so omejeni na kožo in dihala. Indikacije za intoleranco za mleko pa se običajno pojavijo v predelu trebuha.
Dojenčki z intoleranco za laktozo običajno kažejo simptome, kot so napenjanje, bolečine v želodcu in driska. Najpogosteje bo okoli anusa rdeč obroč zaradi nastale neprebavljene mlečne kisline. Sledi presežek plina. Nekateri dojenčki lahko doživijo tudi ekcem, kolike in bruhanje.
Driska, ki jo povzroča intoleranca za mleko, ima drugačen videz kot običajno mehko, rumeno blato. Običajno je precej temen in zelo tekoč, pogosto se pojavlja čez dan. To skupaj z bruhanjem povzroča dehidracijo otroka po izgubi toliko tekočine. Starši se lahko posvetujejo z zdravniki o preprečevanju dehidracije pri dojenčkih.
Možno je tudi, da intoleranca na mleko pri dojenčkih sproži izbruh ekcema. Ekcem na začetku lahko ločimo po drobnih belih izboklinah, ki pokrivajo majhen del otroka in so obdane s temnejšim rdečim predelom. Hujši ekcem povzroči, da koža postane rdeča in luskasta, ki lahko pokrije veliko večjo površino otrokovega telesa. To lahko povzroči srbenje in nelagodje pri dojenčku, kar povzroči praskanje območja.
Intoleranca na mleko pri dojenčkih je redka in s staranjem postaja vse pogostejša. Dojenčki, ki so pred kratkim doživeli urok virusne okužbe, ki povzroča drisko, lahko začasno doživijo intoleranco za mlečne izdelke. Zdravniki običajno odsvetujejo uvedbo mlečnih izdelkov kmalu po takšni okužbi. Prezgodaj rojeni dojenčki imajo lahko tudi intoleranco za mleko.