Plačilo primanjkljaja je neposredna dotacija za nadomestilo kmetom za razliko med zajamčeno ceno in dejansko tržno vrednostjo blaga. Takšna plačila so na voljo proizvajalcem omejenega števila blaga v nekaterih državah. Zagotavljajo, da kmetje še naprej pridelujejo pridelke kritičnega pomena, tudi ko se tržna cena zniža, saj jim je zagotovljena osnovna cena. To omogoča nadaljevanje proizvodnje namesto zamenjave pridelka z bolj donosno alternativo. Zagotavljanje plačil primanjkljaja je lahko v nekaterih regijah nekoliko sporno.
V skladu s tem sistemom vlada ustvari seznam dobrin, za katere meni, da so pomembne, kot so koruza, pšenica in riž. Določa osnovno zajamčeno ceno na podlagi tržnih dejavnikov in drugih pogojev. Ko je pridelek pripravljen na trg in če kmetje ne morejo dobiti te cene, lahko zaprosijo za plačilo primanjkljaja. S tem se jim nadomesti razlika med dejansko prodajno vrednostjo pridelka in tem, koliko bi zaslužili, če bi prejeli zajamčeno ceno.
Nekatere vlade dajejo tudi začasna posojila v času žetve. Ti kmetom omogočajo, da obdržijo lastništvo pridelka dovolj dolgo, da se cene lahko vrnejo od najnižjih vrednosti, ki se običajno razvijejo, ko je trg poplavljen, ko kmetje prinašajo letino. To se pogosto financira iz programa plačila primanjkljaja ali pa je tesno povezano. Zagotavlja spodbudo za kmete, da nadaljujejo z gojenjem pridelkov, zajetih v programu, da se zagotovi dostopnost za širšo javnost.
Za prejem plačila primanjkljaja mora kmet običajno izpolnjevati nekatere standarde. Ti vključujejo dokazilo, da je bil pridelek pridelan, z dokumentacijo o prodajni ceni in okoliščinah prodaje. Poleg tega bodo morda morali kmetje dokazati, da upoštevajo okoljske predpise in ustrezno zaščitijo svoje delavce. Kmetje, ki so bili kaznovani zaradi onesnaževanja in drugih kršitev zakonodaje, lahko izgubijo pravico do plačila, saj vlada ne želi spodbujati nevarnih ali nepraktičnih kmetijskih dejavnosti.
Natančna struktura programa plačil primanjkljaja je lahko odvisna od politik, ki jih določijo regulatorji in zakonodajalci. Zakonodajalci občasno obravnavajo nove kmetijske zakone, pakete zakonodaje, ki zajemajo različne teme, povezane s kmetijstvom. Lahko določijo, kakšne vrste finančne pomoči ponuditi kmetom in kako upravljati te programe, da bodo učinkoviti in delujejo. Informacije so na voljo kmetom in kmetijskim podjetjem prek istih vladnih agencij, ki izvajajo program.