Joga in naturopatija se pogosto uporabljata skupaj v naravnem in alternativnem programu zdravljenja, saj oba uporabljata naravne sile in pristope, ki koristijo telesu. Naturopatija je celosten pristop k zdravljenju celega telesa z uporabo zeliščnih zdravil in prehrane ter telesne vadbe. Ena od vaj, ki se ji pogosto sledi, je joga, ki velja za najboljšo vadbo za krepitev celega telesa, znano v krogih fitnesa in naravnega zdravja. Joga in naturopatija se pogosto kombinirata za zdravljenje simptomov bolečine in nelagodja, krepitev imunskega sistema in krepitev obrambe pred prihodnjimi virusnimi napadi.
Naturopatska medicina išče celosten pristop k zdravljenju telesa z najmanj invazivnimi potrebnimi postopki, kot sta prehrana in vadba. Velikokrat se zeliščna zdravila uporabljajo zaradi svojih antioksidativnih spojin in drugih zdravstvenih koristi za lajšanje bolečin in pospešitev procesa celjenja. Telesna vadba je priporočljiva tudi v večini naturopatskih krogov, saj lahko vadba okrepi imunski sistem in pomaga krepiti telo. Najboljši naravni pristop k zdravi vadbi, ki vključuje celotnega jaza, tako uma kot telesa, je joga.
Povezava med jogo in naturopatijo se vidi v njunih podobnih ideologijah o vključitvi celotnega jaza v prakso, ki spodbuja zdravje. Ni samo telo tisto, ki obsega celoten proces zdravljenja, ampak morata um in srce združiti in obkrožiti celoten pristop zdravljenja. Joga in naturopatija učita, da se telo lahko prirojeno postavi nazaj v poravnavo in se ozdravi. Znanstvene študije podpirajo tudi prepričanje, da sta tako joga kot naturopatija koristni za telo.
Naturopatija, na primer, lahko pomaga telesu zagotoviti ustrezne hranilne snovi in antioksidante ter protivnetne spojine, ki lahko pomagajo telesu pri zdravljenju in lajšanju bolečin. Vadba zagotavlja tudi enake protivnetne koristi, poleg tega pa pomaga krepiti imunski sistem za preprečevanje nadaljnjih bolezni. Jogo in naturopatijo lahko varno uporablja večina posameznikov, ki si želijo naravnih pristopov k zdravljenju celega telesa brez stranskih učinkov številnih farmacevtskih zdravil in nepotrebnih operacij. Če pa je stanje hudo, je primerno poiskati zahodno medicino v kombinaciji s starodavno modrostjo, da bi dobili najboljše možno zdravljenje.