Kritiki HCG diete navajajo številne stranske učinke, ki jih pripisujejo različnim vidikom načrta. Neželeni učinki diete s HCG so lahko posledica uporabe samega hormona ali izjemne omejitve kalorij, ki je predlagana pri uporabi hormona. Med tema dvema pobudnikoma se lahko neželeni učinki gibljejo od blagih glavobolov in utrujenosti do zdravstvenega stanja, imenovanega sindrom hiperstimulacije jajčnikov (OHSS), ki prizadene ženske.
Hormon HCG (humani horionski gonadotropin) se naravno proizvaja med nosečnostjo in se lahko uporablja pod zdravniškim nadzorom za spodbujanje plodnosti pri moških in ženskah. HCG dieta trdi, da bo samouživanje hormona v povezavi z resno restriktivno dieto samo 500 kalorij (2,100 kj) na dan povzročilo izgubo teže s hitrostjo od 1 do 3 funte (2.2 do 6.6 kg) na dan. Neželeni učinki, ki izhajajo iz uporabe hormonov, lahko vključujejo bolečine v glavi in telesu, omotico ali omotico ter otrplost. Pojavijo se lahko tudi oteklina in pordelost ali krvni strdki.
Poleg teh simptomov se lahko v ženskem reproduktivnem sistemu pokažejo stranski učinki diete s HCG. OHSS povzroča otekanje jajčnikov in ga je mogoče prepoznati po pojavu simptomov, kot so nelagodje v želodcu in trebuhu, povečanje telesne mase in otekanje okončin; nekateri primeri OHSS veljajo za življenjsko nevarne. Poleg tega je povečano tveganje za večplodno nosečnost povezano z jemanjem HCG. Ker naravna funkcija hormona spodbuja proizvodnjo jajčec, lahko ženske, ki zanosijo, nosijo več kot enega otroka, kar je potencialno škodljiv dogodek. Uporaba HCG med nosečnostjo ali dojenjem lahko potencialno povzroči prirojene ali razvojne napake.
Neželene učinke te diete lahko pripišemo tudi skrajni omejitvi energije oziroma vnosa hrane. Zaužitje 500 kalorij na dan je daleč pod priporočenim dnevnim vnosom za moške in ženske in morda niti ne bo dovolj energije za pravilno delovanje možganov. Pogosti neželeni učinki tako resnega omejevanja kalorij vključujejo šibkost, razdražljivost in zmedenost ali dezorientacijo. Dolgotrajno omejevanje kalorij lahko povzroči izgubljanje mišic in organov ter povzroči srčno popuščanje.
Drugi možni stranski učinki diete s HCG se lahko kažejo kot posledica podhranjenosti, ki jo povzroča omejitev kalorij. Če ne zaužijete dovolj kalorij za dobro uravnoteženo in zdravo prehrano, lahko pride do pomanjkanja vitaminov in mineralov. Resna zdravstvena stanja so lahko posledica pomanjkanja osnovnih hranil.