USS Thresher je ameriška pomorska podmornica, ki je bila izgubljena leta 1963 med vajami globokega potapljanja. Usoda USS Thresher je sprožila številne pomisleke glede varnosti podmornic na jedrski pogon in spodbudila mornarico Združenih držav, da je vzpostavila varnostni program za zagotavljanje okrepljenega usposabljanja in odzivanja na nesreče. Ta program, znan kot SUBSAFE, zagotavlja nadzor kakovosti in zagotavlja varnost za celotno floto na jedrski pogon.
Ta podmornica je bila vodilna ladja v svojem razredu, kar pomeni, da je bila prva, ki je bila zgrajena po novem naboru specifikacij. Številka trupa USS Thresher je bila 593 in tehnično podmornice, zgrajene po USS Thresher, bi morale biti znane kot podmornice razreda Thresher ali 593, namesto tega pa se imenujejo podmornice razreda Permit ali 594, po drugi ladji v razredu, zaradi vraževerjem o sklicevanju na ladje, ki so bile izgubljene na morju. Razred Permit so nadomestili kasnejši novi modeli jedrskih podmornic.
USS Thresher, ki je bil uradno zagnan leta 1961, sta ga kapitan in posadka opravila skozi obsežne preizkušnje na morju. Podmornica je v času preskusov na morju imela več manjših težav, vključno s težavami z balastnimi rezervoarji in jedrskim reaktorjem. Ko so se preskusi na morju končno zaključili, je bil USS Thresher 9. aprila 1963 odpeljan na morje ob obali Massachusettsa na usposabljanje za globokomorsko potapljanje, ki ga je spremljala podmorniška reševalna ladja USS Skylark.
USS Thresher se je potopil do pričakovane globine, nato pa poročal, da ima težave in poskuša priti na površje. Poročilo je bilo popačeno in o podmornici ni bilo nikoli več slišati. USS Skylark je sporočil, da je ladja izgubljena, in začeli so se prizadevanja za identifikacijo razbitin in ugotovitev, ali je reaktor puščal ali ne. USS Thresher je potonil v dovolj globoke vode, da je ladja pod pritiskom implodirala, pri čemer je 129 mornarjev na krovu ubilo v manj kot dveh sekundah in razpršilo ladjo po oceanskem dnu na šest kosov. Rutinske radiološke raziskave niso pokazale znakov, da je ladijsko jedrsko gorivo onesnažilo območje.
Zdi se, da raziskave o usodi USS Thresher kažejo, da je ladja potonila zaradi okvare njenega cevovodnega sistema za slano vodo, ki je na koncu privedla do poplave podmornice in izklopa jedrskega reaktorja. Preden je posadka podmornice lahko ponovno napajala reaktor, je ladja potonila. Izterjava razbitine USS Thresher ni bila mogoča zaradi globine, v kateri je potonila podmornica, in zaskrbljenosti zaradi jedrske kontaminacije, saj je več spomenikov ladji in njeni posadki nameščenih na različnih mestih v Združenih državah, vključno z nacionalnim pokopališčem Arlington.