Školjke je mogoče kuhati na več različnih načinov, najpogostejša pa je kuhanje v pari – bodisi kot posamezna metoda, bodisi za predhodno kuhanje pred uporabo druge metode kuhanja. Svetleči, črni školjke ovalne oblike se odprejo med postopkom parjenja. Poleg kuhanja na pari se školjke pogosto ocvrejo, pečejo na žaru in pečejo.
Ne glede na to, kateri način kuhanja boste uporabljali, školjke vedno kupujte iz zanesljivega vira na nekontaminiranem območju. Zanimivo je, da so tisti z mesom bolj na beli strani običajno samice, mehkužci z mesom, ki je ponavadi bolj oranžne barve, pa so pogosto samci. Oba sta v bistvu enaka po okusu, pri čemer je sok obeh najbolj okusen del. Školjke je treba pred kuhanjem v paro večkrat sprati, da odstranimo pesek in odstraniti izboklino »brade«.
Kuhane školjke lahko pripravimo tako, da pripravljene mehkužce dodamo nekaj skodelicam tekočine, ki jo zavremo v velikem loncu ali nizozemski pečici. Ko dodamo školjke, jih na srednjem ognju kuhamo v pari približno osem minut. Če je mogoče, jih po štirih ali petih minutah kuhanja previdno obrnemo. Školj ne smete nikoli prekuhati, saj lahko postanejo trde. Ko se školjke odprejo s paro, so končane in ne uporabljajte nobenih z neodprtimi lupinami.
Školjke lahko premažete s drobnimi krušnimi drobtinami in jih ocvrete v ponvi ali celo globoko ocvrte. Lahko jih spečemo tudi v pečici na polovični lupini in jih potresemo z olivnim oljem in zelišči. Školjke potrebujejo le približno pet minut na zunanjem žaru na srednji do visoki temperaturi. Okusne so v juhah, vendar jih je najbolje dodati tik ob koncu kuhanja, da se izognemo prekuhanju.
Te mehkužce lahko nadomestimo z školjkami v jedeh, kot je linguine z omako iz školjk, nekateri recepti pa zahtevajo oboje. Solate v mehiškem slogu včasih uporabljajo školjke in španski jedi paelli dodajo značilen videz. Jugovzhodna azijska kuhinja pogosto uporablja kokos in ingver v jedeh iz školjk. Klasična francoska jed, moules mariniers, z njimi meša maslo, vino, čebulo, sol, poper in peteršilj. Za vpijanje soka se uporablja bageta.
Za oblačenje kuhanih školjk lahko uporabite veliko različnih vrst omak. Francoski roux lahko služi kot osnova za omako kot teriyaki ali paradižnikova omaka. Splošno vodilo, ki se običajno uporablja pri njihovem nakupu, je, da dovolite 1 lb (450 g) v lupini na osebo za glavno jed in 0.5 lb (225 g) na osebo za prilogo ali predjed.