Polnozrnati mafini vključujejo vrsto različnih polnozrnatih žit, kot sta pšenica ali oves, hkrati pa vsebujejo dodatke sestavin, kot so sadje, pasirana buča, čokolada ali rozine. Mafini za zajtrk, narejeni iz celih zrn, običajno vsebujejo ovsene kaše in nekaj časa pire sadja, kot so banane ali jagode. Različne vrste polnozrnatih žit, ki se uporabljajo, so rž, ječmen in sirek, pa tudi ajda, kvinoja in druge polnozrnate sorte brez glutena. Ker se polnozrnati kolački običajno štejejo za bolj zdravo alternativo svojim kolegom iz bele moke, nutricionisti in zdravniki promovirajo številne mafine, narejene iz polnozrnatih žit, zaradi vsebnosti vlaknin.
Mafini, narejeni iz polnozrnatih žit, pogosto uporabljajo polnozrnato moko kot glavno osnovno sestavino, dodajajo različne sestavine, kot so suho ali sveže sadje in začimbe. Bučni polnozrnati mafini so običajno narejeni s pšenično moko, pa tudi iz pire iz buč, cimeta in ingverja, pogosto pa jih pripravljamo v jesenskih mesecih. Različice bučnih kolačkov brez glutena lahko še vedno uporabljajo polnozrnate izdelke, pri čemer pšenično moko nadomestite z brezglutenskim polnozrnatim obrokom ali moko. Moka iz kvinoje in sirkova moka sta dva primera polnozrnate moke, ki ju lahko enostavno uporabite v katerem koli receptu za polnozrnate mafine brez glutena.
Priljubljeni so tudi jabolčni polnozrnati mafini, ki običajno vsebujejo sveže jabolčne rezine, cimet in muškatni orešček ter preliv iz rjavega sladkorja. Ta mafin lahko postrežete med kavo ali čajem, prav tako pa je priljubljen pečen izdelek, ki ga uživate med zajtrkom ali med obroki za prigrizek. Muffini z bananinimi oreščki so običajno narejeni iz celih zrn, kot sta ovseni oves in polnozrnata moka, in so zelo pogosti kot mafini za zajtrk s svojo sladko in nasitno teksturo. Najpogosteje večina polnozrnatih mafinov ne vsebuje glazure kot piškoti in so gostejše, zaradi česar so popolni kot nadomestek obroka.
Borovničevi kolački, narejeni iz celih zrn, običajno uporabljajo vso polnozrnato moko ali polnozrnato moko brez glutena, skupaj s temno rjavim sladkorjem in svežimi ali zamrznjenimi borovnicami. Te vrste mafinov so priljubljene kot prigrizki in se običajno pripravljajo v toplih poletnih mesecih. Ker polnozrnate žitarice vsebujejo veliko vlaknin in drugih hranilnih snovi, večina nutricionistov priporoča polnozrnate mafine namesto mafinov iz bele moke. Čeprav veljajo za bolj zdrave, lahko mafini, narejeni iz celih zrn, še vedno vsebujejo veliko sladkorja, zato je pomembno opazovati vsebnost sladkorja in jih jesti zmerno.