Najboljši sistemi za čiščenje odpadne vode iz mokrišč ščitijo zdravje ljudi in okolje, hkrati pa so stroškovno učinkoviti in enostavni za uporabo. Eden od nasvetov za načrtovalce mokrišč za čiščenje odpadne vode je, da morajo ljudje biti potrpežljivi in skrbno načrtovati, saj večina strokovnjakov svetuje, da lahko filtriranje mokrišč traja približno eno leto, da začne v celoti delovati. Ko oblikovalci obdelave odpadkov ustvarijo mokrišča, ki so združljiva s prostoživečimi živalmi in ekologijo regije, so ponavadi učinkovitejši. Bistveni nasvet za ustvarjanje uspešnega sistema čiščenja odpadne vode z uporabo mokrišča je razumevanje, kaj je mokrišče in kako deluje pri odstranjevanju odpadkov iz vode.
Čeprav se večina ljudi strinja, da ni dokončne opredelitve, kaj je mokrišče, ameriška služba za ribe in divje živali navaja, da je ena vrsta mokrišč lahko prehodno zemljišče med suhim in vodnim sistemom. Vodna miza v mokriščih je običajno na površini ali zelo blizu nje. To je lahko naravno mokrišče, na primer sladkovodno ali plimovanje, ali zgrajeno ali umetno mokrišče. Mokrišča uporabljajo fitoremediacijo, ki je postopek dekontaminacije vode ali tal z uporabo rastlin, za filtriranje nečistoč.
Eden najboljših nasvetov za ljudi, ki razmišljajo o uporabi metode čiščenja odpadne vode iz mokrišč, je preučiti uveljavljene, uspešne sisteme mokrišč. Še posebej koristno je raziskati ureditve, primerljive z zahtevanim sistemom. Več dejavnikov določa lastnosti sistema. Pomemben dejavnik je vrsta odpadkov in onesnaževal, vključno s trdnimi odpadki, presežkom hranil in organskimi snovmi.
Drugi dejavniki so lastnosti mokrišča. Nekateri vidiki, ki jih je treba upoštevati, so lahko tla ali substrat, vegetacija in podnebje. Hidrolog ali strokovnjak za vodo lahko analizira zmogljivost in sposobnost mokrišča, da filtrira naša onesnaževala.
Drug pomemben nasvet je, da upravljate življenje rastlin v mokriščih, da dosežete temeljito in učinkovito filtracijo. Sposobnost korenin in stebel rastlin, da ujamejo usedline za mikrobe, bo vplivala na celoten sistem filtracije. Mikrobi so bistveni, ker prebavljajo škodljiva hranila. Razumevanje tega zapletenega procesa je ključno za vzpostavitev uspešnega sistema za čiščenje odpadne vode iz mokrišč.
Pomembno je vedeti, katera vrsta zgrajenega sistema za odpadno vodo mokrišč bo nudila najboljšo filtracijo. Obstajata dve vrsti: vegetirana potopljena struga (VSB) in prosti vodni površinski tok (FWS). VSB ima vzhajajoče rastline, ki so običajno ukoreninjene v gramozu, medtem ko ima FWS različne rastline, tako ukoreninjene kot lebdeče. To so emergentne vodne rastline, ki so lahko trstičje ali mrzlica; potopljene rastline, kot je widgeon trava; in plavajoče rastline, kot sta leča in vodna hijacinta. Oblika sistema je odvisna od vrste odpadkov, ki jih je treba filtrirati, topografije zemljišča in podnebja.
Najbolj koristna mokrišča za čiščenje odpadne vode imajo visoko korelacijo med učinkovitostjo čiščenja odpadkov in biološko vrednostjo mokrišča. Številna uspešna mokrišča za čiščenje odpadne vode imajo javnosti prijazne objekte, kot so mesta za ogled divjih živali in naravne poti. Vključitev čiščenja odpadne vode mokrišč v skupnost pomaga ustvariti sistem, ki je sprejet v skupnosti. Nasprotno pa zgrajena mokrišča, ki ne podpirajo prostoživečih živali, imajo običajno nizke rezultate pri filtracijskih funkcijah.
Še zadnji nasvet je, da najamete strokovnjaka, ki ima izkušnje pri ustvarjanju uspešnega čiščenja odpadne vode po metodi mokrišč. Pogosto skupnosti gradijo sisteme za čiščenje odpadne vode, ne da bi v celoti razumeli kompleksnost sistema. Strokovnjak lahko svetuje skupnosti glede vrste mokrišča, ki bo najučinkovitejša. Prav tako lahko oceni situacijo in ugotovi, ali je čiščenje odpadne vode mokrišča primerno. Čiščenje odpadne vode mokrišč ni vedno najučinkovitejša in stroškovno učinkovita metoda čiščenja odpadkov.