Namen upravljanja habitatov je doseči najboljšo možno kombinacijo med človekovim bivanjem in naravo. Operacije ohranjanja prostoživečih živali delujejo tako, da ohranjajo ravnovesje z zaščito ogroženih rastlin in živali pred človekovim vmešavanjem. Nasprotno pa mnogi programi za gospodarjenje z gozdovi uporabljajo človeško posredovanje kot način za pospeševanje procesov rasti, ki bi se naravno zgodili desetletja ali celo stoletja. Občasno je človeštvo tisto, ki je ogroženo zaradi dejavnosti živali ali rastlin, v teh primerih pa so organizacije za upravljanje divjih živali tiste, ki vzpostavijo ravnovesje.
Pogosto se za zaščito ozemlja ogroženih vrst uporabljajo metode upravljanja habitatov. Na primer, zaradi svoje nagnjenosti k požarom v južnoafriškem grmovju Fynbos živijo različne vrste, ki so se posebej prilagodile tem težkim razmeram. Številne od teh vrst ne obstajajo nikjer drugje na zemlji. Da bi zagotovili preživetje teh rastlin in živali, se zelo pazi, da se prepreči interakcija ljudi s tem območjem.
V bolj usmerjenih pobudah za ohranjanje prostoživečih živali bo morda za reševanje živali potrebno praktično delovanje ljudi. V teh primerih je mogoče pripadnike ogroženih vrst ujeti in namestiti v umetna okolja za namene zaščite in razmnoževanja. Načrtovani rezultat te vrste programa je običajno ponovna vzpostavitev sposobnih vzrejnih bazenov. V mnogih primerih je končni cilj ponovna uvedba vrste v njen naravni habitat.
Upravljanje habitatov velikega območja rasti dreves se pogosto imenuje gospodarjenje z gozdovi. Čeprav so osrednja točka te vrste ohranjanja nedvomno drevesa, se prizadevanja redno širijo za vključitev rastlinskih in živalskih habitatov, ki jih zagotavljajo ta območja. V Severni Ameriki gospodarjenje z gozdovi preučuje predvsem sestoje trdega lesa, vendar je načela mogoče razširiti tudi na deževne gozdove in džungle.
Standardni ekološki cilj za upravljanje gozdnih habitatov je vzorec rasti, imenovan visok gozd. V tem ekosistemu so zastopane vse stopnje rasti dreves, od sadik do mrtvih. Poleg tega je živalski in rastlinski svet bogat in raznolik. Če jih ne bi motili, bi se naravno pojavljali visoki gozdni biomi. S skrbnimi praksami gospodarjenja z gozdovi, kot je selektivna obdelava lesa, je mogoče to vrsto bioma ohraniti in izboljšati.
V redkih primerih je cilj upravljanja habitatov preprečiti, da bi živali ogrozile človeško populacijo in lastnino. Na nekaterih območjih je na primer kombinacija nenadzorovane vzreje, omejenega lova in dostopa do človeških virov hrane povzročila prenaseljenost belorepca. Posledično so se poročila o materialni škodi in poškodbah zaradi nesreč med jeleni in vozili močno povečala. Povečali so se tudi primeri znatne škode na pridelkih zaradi hranjenja jelenov. Odzivi lokalnih uradov za upravljanje divjih živali vključujejo programe premestitve živali in daljše lovne sezone.